От третия квалификационен кръг има два разделени потока: в потока на шампионите играят националните първенци само срещу други национални шампиони, докато „преследвачите“ т.е. отборите, завършили на второ, трето или четвърто място, играят помежду си в потока на нешампионите. Отпадналите от този кръг отбори участват в плейофите на Лига Европа 2012/13.
Първите срещи се играха на 31 юли и 1 август, а реваншите на 7 и 8 август 2012 г.
Последният квалификационен кръг е наречен „Плейоф“ с цел по-добър маркетинг. От този кръг правата за излъчване на определени срещи се продават централно от УЕФА, за да се генерира по-голям медиен интерес, което от своя страна трябва да доведе до по-високи приходи от реклама. Отпадналите от този кръг отбори участват в груповата фаза на Лига Европа 2012/13.
Първите срещи се играха на 21 и 22 август, а реваншите на 28 и 29 август 2012 г.
Жребият се проведе в Монако на 30 август 2012. Отборите са разделени в четири урни в зависимост от коефициентите им в ранглистата на УЕФА. Те са изтеглени в 8 групи по 4 отбора, като отбори от една и съща държава не могат да се паднат в една група.
В групата отборите ще играят на принципа всеки-срещу-всеки на разменено гостуване. Мачовете ще се играят на 18 – 19 септември, 2 – 3 октомври, 23 – 24 октомври, 6 – 7 ноември, 20 – 21 ноември и 4 – 5 декември 2012. Първите два отбора от всяка група се класират за елиминационната фаза, а третият отбор в групата отива в шестнайсетинафиналната фаза на Лига Европа. Монпелие, Малага и Норшелан ще направят дебют в груповата фаза.
Осемте победители от групите, заедно с отборите завършили на 2-ро място се тъглят в 8 двойки, които играят 2 мача помежду си. В тази фаза не могат да се срещнат отбори от същата група или от същата футболна асоциация. Победителите от групите играят реванша като домакини.
Жребият се тегли на 20 декември2012 в Нион, Швейцария. Първите мачове се играят на 12, 13, 19, 20 февруари 2013, а реваншите на 5, 6, 12 и 13 март 2013.
От фазата на четвъртфиналите отборите се теглят от една обща урна, като първият изтеглен отбор е домакин в първия мач. Жребият се състои на 15 март 2013 г. Мачовете се играят на 2 и 3 април 2013 г. (първи срещи), както и на 9 и 10 април 2013 г.