| Nom | Període | Càrrec | Nota |
|---|
| Tomás de Torquemada | 1483-1498 | Confessor reial. |
| Miguel de Morillo | 1491 | Provincial dels dominics a l'Aragó | Inquisidor general suplent i ajudant de Torquemada.[2] |
| Nomenament de quatre inquisidors generals col·legiats o individuals per breu del papa Alexandre VI a causa de l'avançada edat de Torquemada, el 21 de juny de 1494 i que es mantindrien possiblement fins a la seva mort o dimissió.[3] |
| Diego de Deza | 1499-1506 | Confessor reial. | Renúncia voluntària. |
Separació de la Inquisició entre Castella i Aragó 1506-1518
|
| Adrià d'Utrecht | 1518-1522 | Cardenal. Bisbe de Tortosa. | Ascendeix al pontificat com Adrià VI. |
| Alfonso Manrique de Lara | 1523-1538 | Cardenal. Arquebisbe de Sevilla. | |
| Juan Pardo de Tavera | 1539-1545 | Cardenal. Arquebisbe de Sevilla. | |
| García de Loaysa y Mendoza | 1546 | Cardenal. Arquebisbe de Sevilla. | |
| Fernando de Valdés y Salas | 1547-1566 | Arquebisbe de Sevilla. | Renúncia voluntària. |
| Diego de Espinosa y Arévalo | 1567-1572 | Bisbe de Sigüenza. | |
| Pedro Ponce de León | 1573 | Bisbe de Plasència. | No pren possessió del càrrec. |
| Gaspar de Quiroga y Vela | 1573-1594 | Cardenal. Arquebisbe de Toledo. | |
| Jerónimo Manrique de Lara | 1595 | Bisbe d'Àvila. | |
| Pedro Portocarrero y Manuel | 1596-1599 | Bisbe de Conca. | |
| Fernando Niño de Guevara | 1599-1602 | Cardenal. Arquebisbe de Sevilla. | Renúncia voluntària. |
| Juan de Zúñiga y Flores | 1602 | Bisbe de Cartagena. | |
| Juan Bautista de Acevedo | 1603-1607 | Bisbe de Valladolid. | |
| Bernardo de Sandoval y Rojas | 1608-1618 | Cardenal. Arquebisbe de Toledo. | |
| Luis de Aliaga | 1619-1621 | Confessor reial. | Renúncia voluntària. |
| Andrés Pacheco | 1622-1626 | Bisbe de Conca. | |
| Antonio Zapata y Cisneros | 1627-1632 | Cardenal. Arquebisbe de Burgos. | Renúncia voluntària. |
| Antonio de Sotomayor | 1632-1643 | Arquebisbe titular de Damasc. Confessor reial. | |
| Diego de Arce y Reinoso | 1642-1665 | Bisbe de Plasència. | |
| Pasqual d'Aragó | 1665 | Arquebisbe de Toledo. | Renúncia voluntària. |
| Juan Everardo Nithard | 1666-1669 | Cardenal. Confessor reial. | |
| Diego Sarmiento de Valladares | 1669-1695 | Bisbe de Plasència. | |
| Joan Tomàs de Rocabertí | 1695-1699 | Arquebisbe de València. | |
| Alfonso Fernández de Córdoba | 1699 | Cardenal. | No pren possessió del càrrec. |
| Baltasar de Mendoza y Sandoval | 1699-1705 | Bisbe de Segòvia | Renúncia voluntària. |
| Juan Bautista de Arzamendi | 1705 | | No pren possessió del càrrec. |
| Vidal Marín del Campo | 1705-1709 | Bisbe de Ceuta. | |
| Antonio Ibáñez de la Riva Herrera | 1709-1710 | Arquebisbe de Saragossa. | |
| Francesco del Giudice | 1711-1714 | Cardenal. | Destituït per Felip V. |
| Felipe Gil de Taboada | 1715 | Bisbe d'Osma | Comissionat el 1715, no va arribar a servir en el càrrec.[4] |
| Francesco del Giudice | 1715-1716 | Cardenal | Recupera el càrrec. |
| Josep Molines i Casadevall | 1717-1719 | Auditor del Tribunal de la Rota | No pren possessió del càrrec. |
| Diego de Astorga y Céspedes | 1720 | Bisbe de Barcelona. | Renúncia voluntària. |
| Juan de Camargo y Angulo | 1720-1734 | Bisbe de Pamplona. | |
| Andrés de Orbe y Larreátegui | 1733-1740 | Arquebisbe de València. | |
| Manuel Isidro de Orozco Manrique de Lara | 1742-1746 | Arquebisbe de Sant Jaume de Compostel·la | |
| Francisco Pérez de Prado y Cuesta | 1746-1755 | Bisbe de Terol. | |
| Manuel Quintano Bonifaz | 1755-1774 | Arquebisbe titular de Farsala | Renúncia voluntària. |
| Felip Bertran | 1775-1783 | Bisbe de Salamanca. | |
| Agustín Rubín de Ceballos | 1784-1793 | Bisbe de Jaén. | |
| Manuel Abad y Lasierra | 1793-1794 | Bisbe d'Astorga i arquebisbe titular de Selímbria. | |
| Francisco Antonio de Lorenzana y Butrón | 1794-1797 | Cardenal. Arquebisbe de Toledo. | Renúncia voluntària. |
| Ramón José de Arce | 1798-1808 | Arquebisbe de Saragossa. | |
| Abolició del Tribunal de la Inquisició durant la Guerra del Francès i el regnat de Josep I d'Espanya, entre 1808-1814. |
| Francisco Javier Mier y Campillo | 1814-1818 | Bisbe d'Almeria. | |
| Cristóbal Bencomo y Rodríguez | 1818 | Arquebisbe titular d'Heraclea. Confessor reial. | Va refusar el càrrec.[5] |
| Jerónimo Castillón y Salas | 1818-1820 | Bisbe de Tarassona. | Darrer inquisidor general d'Espanya. |
En 1820 es produeix l'abolició definitiva de la Inquisició.
|