Édesapját, V. János királyt 1750-ben követte az uralkodásban. A kormányzást teljesen Pombal márki főminiszterre bízta, aki a felvilágosodás híveként több radikális reformot kívánt megvalósítani.
József király ezalatt kedvteléseinek élt, azonban 1758. szeptember 3-án merényletet követtek el ellene. A merénylet értelmi szerzőségével a jezsuitákat vádolták meg, valószínűleg alaptalanul. Az eset hatására a király beleegyezett a jezsuiták kiűzésére a Portugál Királyságból.
A korabeli írások I. József királyra az Újító jelzőt használták.
Mária Franciska infánsnő(María Francisca Doroteia de Portugal, 1734–1818), aki 1760-ban saját nagybátyjához, Péter portugál infánshoz, a jövendő III. Péter királyhoz ment feleségül, és 1777–1792 között I. Mária néven Portugália első királynőjeként uralkodott.
Mária Anna portugál infánsnő (María Ana de Portugal, 1736–1813), nem ment férjhez, gyermektelenül halt meg.
Dorottya Franciska infánsnő(Dorotéa Francisca de Portugal, 1739–1771), nem ment férjhez, gyermektelenül halt meg.
Mária Bendikta infánsnő (María Benedicta de Portugal, 1746–1829), aki 1777-ben saját unokaöccséhez, József Ferenc portugál infánshoz (1761–1788) Brazília hercegéhez, III. Péter király legidősebb fiához ment feleségül, de házasságuk gyermektelen maradt.
Mivel fiúgyermekük nem született, József királynak döntenie kellett a trónutódlás kérdésében: Királyi rendelettel tegye-e lehetővé a leányági öröklést, és legidősebb leányát, Mária infánsnőt tegye meg örökösévé, vagy ragaszkodjék a férfi öröklés előírt rendjéhez, ekkor saját legidősebb élő öccse, Péter infáns(Don Pedro Clemente de Braganza) következett a sorban. A dilemmát úgy oldották fel, hogy Mária infánsnőt 1760-ban feleségül adták Péter infánshoz, ők 1777-ben együtt örökölték a trónt.