ペルージャはウンブリ人(英語版)の居住区であったが、最初に文献に登場したのは、エトルリア人の12の連合市の一つである「ペルシア(英語版)」(ラテン語: Perusia)としてである。紀元前216年と205年に、ローマの援軍として第二次ポエニ戦争に加わった。紀元前41年、en:Battle of Perugia。ランゴバルド人の時代、ペルージャはトゥーシアの主要都市の一つと呼ばれていた。9世紀、ペルージャは教皇に屈服し、カール大帝とルートヴィヒ1世もこれに合意した。しかし11世紀までに、コムーネは自治を主張し、その後何世紀もの間、ペルージャは独立状態を維持した。その間、シエナ、アッシジ、アレッツォ、フォリーニョなどの近隣諸国と、何度も戦争状態となった。1797年、フランス軍に占領された。1789年2月4日、ペルージャを首都とし、フランスの三色旗を国旗とするティベリーナ共和国が誕生。1799年にローマ共和国に併合される。ウィーン会議により1860年まで再び教皇領に属し、その間の1832、1838、1854年に、ペルージャを地震が襲った。
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経済
ペルージャは、チョコレートで有名である。これは当地に本社を置き、Baciというチョコレートを広く輸出しているペルジーナ社に拠るところが大きい。ペルージャのチョコレートはイタリアで大変人気があり、毎年10月に、街ではユーロチョコレート・フェスティバル(Festa del Cioccolato, Eurochocolate)が開催される。