Schwerin er omgjeve av mange naturskjønne innsjøar. Den største av desse er Schweriner See med eit areal på 60 km². Midt i dette innsjøområdet slo obotrittarar seg ned her på 1000-talet. Området vart kalla Zuarin og namnet på Schwerin har sitt opphav i dette. I 1160 slo Henrik Løve obotrittarane og erobra Schwerin. Byen vart så erobra til eit mektig senter i regionen. Eit slott vart bygd og gjennom hundreåra utvida. Eit spøkelse kalla Petermänchen skal visstnok gå igjen i slottet.
I 1358 vart Schwerin ein del av Hertugdømet Mecklenburg, og var eit sete for hertugane her. Rundt 1500 byrja ein å byggje Schweriner Schloss, der hertugane heldt til. Etter delinga av Mecklenburg i 1621 vart Schwerin hovudstad i Hertugdømet Mecklenburg-Schwerin. Mellom 1765 og 1837 var byen Ludwigslust hovudstaden, før Schwerin etter kvart fekk denne oppgåva tilbake.
I 1918 og under den tyske revolusjonen då alle tyske monarki vart nedlagd, abdiserte storhertugen. Schwerin vart så hovudstad i delstaten Mecklenburg-Vorpommern.
Mot slutten av den andre verdskrigen, 2. mai 1945, kom amerikanske troppar til byen. Han vart gjeven til britane ein månad seinare, og i juli 1945 til sovjetiske styrkar. Schwerin låg så i den sovjetiske okkupasjonssonen som nokre år seinare vart Aust-Tyskland. Opphavleg var han hovudstad i den austtyske delstaten Vorpommern, men desse delstatane vart oppløyst i 1952, og byen vart hovudstad i distriktet Bezirk Schwerin.
Etter gjenforeininga i 1990 vart delstaten Mecklenburg-Vorpommern oppretta. Rostock var ein seriøs kandidat som delstatshovudstad, men valet fall til slutt på den tidlegare hovudstaden Schwerin.
