Han upplevde stora svårigheter och motgångar som regent, bland annat på grund av den växande republikanska rörelsen och att landets ekonomi blev allt sämre. För att få till stånd en lösning på problemen utnämnde han 1906 João Franco till ministerpresident. Denne styrde landet på ett i det närmaste diktatoriskt sätt vilket ännu mer ökade republikanernas agitation.
Han mördades, tillsammans med sin äldste son Luis Filipe, vid ett attentat när de färdades i kortege, och efterträddes av sin yngre son Emanuel II av Portugal.