Sphenodontia

La clasificación según Wu (1994), Evans et al. (2001), y Apesteguia & Novas (2003).^[1]​

• Orden Sphenodontia / Rhynchocephalia
  • Familia Gephyrosauridae†
    • Gephyrosaurus†
    • Diphydontosaurus†
  • Familia Pleurosauridae†
    • Palaeopleurosaurus†
    • Pleurosaurus†
  • Familia Sphenodontidae
    • Colognathus†
    • Godavarisaurus†
    • Kawasphenodon†
    • Lamarquesaurus†
    • Leptosaurus†
    • Pelecymela†
    • Piocormus†
    • Sigmala†
    • Theretairus†
    • Tingitana†
    • Rebbanasaurus†
    • Planocephalosaurus†
    • Polysphenodon†
    • Brachyrhinodon†
    • Clevosaurus†
    • Subfamilia Sphenodontinae
      • Homoeosaurus†
      • Kallimodon†
      • Sapheosaurus†
      • Ankylosphenodon†
      • Pamizinsaurus†
      • Zapatadon†
      • Cynosphenodon†
      • Oenosaurus^[2]​ †
      • Sphenodon
      • (sin rango) Opisthodontia†
        • Opisthias†
      • Tribu Eilenodontini†
        • Toxolophosaurus†
        • Priosphenodon†
        • Eilenodon†

En 2012 se ha descrito Sphenocondor, un nuevo esfenodonte basal del Jurásico medio de Patagonia.^[3]​

Los estudios genéticos revelan las siguientes relaciones filogenéticas para los tuátaras con respecto a otros reptiles y tetrápodos vivos (incluido las secuencias proteicas obtenidas de Tyrannosaurus rex y Brachylophosaurus canadensis). Junto con el orden Squamata constituye el clado Lepidosauria.^[4]​^[5]​^[6]​^[7]​