Dans une phase de classement par matchs aller et retour, les équipes sont réparties en deux poules de dix et onze clubs. Les quatre premières équipes de chaque poule sont qualifiées pour disputer des quarts de finale, la compétition se poursuivant par élimination directe jusqu'à la finale.
Le Stade toulousain remporte le championnat de rugby 2000-01 après avoir battu l'AS Montferrand en finale. Le Stade toulousain remporte le bouclier de Brennus pour la seizième fois, tandis que l'ASM perd une nouvelle fois en finale.
À l'issue de la saison 2000-01, le resserrement de l’élite est fatal à six équipes qui sont reléguées en Pro D2 : Auch, Aurillac, Mont-de-Marsan, Périgueux mais aussi Grenoble qui a perdu son barrage contre Pau 33-21 (21-21) après prolongation et Brive, champion d’Europe 4 ans plus tôt.
Les quatre demi-finaliste du championnat (Castres, 1er de la saison régulière, Toulouse, Montferrand, Biarritz) mais aussi Perpignan et le Stade Français (meilleurs des quarts de finalistes battus) sont qualifiés pour la Coupe d’Europe.
T : Tenant du titre • P : Promu V : Victoires • N : Matches Nuls • D : Défaites • PP : Points Pour (marqués) • PC : Points Contre (encaissés) • Diff : Différence de points
Bègles-Bordeaux devance Pau à la différence de points particulière (17-13 et 35-16).
V : Victoires • N : Matches Nuls • D : Défaites • PP : Points Pour (marqués) • PC : Points Contre (encaissés) • Diff : Différence de points
Colomiers devance Narbonne et Dax à la différence de points particulière (3 victoires dans les duels contre 2 pour Narbonne et 1 pour Dax). La Rochelle devance Grenoble à la différence de points particulière 21-8 et 15-17.