Jeruusalemma läheduse tõttu on Juuda kõrbel suur ajalooline ja piiblilooline tähtsus. Juuda kõrbe kaudu põgenes Taavet Jeruusalemmast Absalomi mässu ajal. Kuningas Ussija kaevas kõrbesse kaeve ja ehitas torne. Kuningas Herodes rajas sinna kindlusi, sealhulgas ka Masada. Juuda kõrbes elasid esseenid. Samuti elas seal Ristija Johannes, kes sõi rohutirtse ja metsmett ning kuulutas. Peale ristimist ajas Püha VaimJeesuse kõrbesse, kus ta ei söönud 40 päeva; kui Jeesusel nälg kätte tuli, soovitas kurat talle öelda, et kivid leibadeks saaks.