Mackintosh ble født i Glasgow. Han led av en fotskade og hadde dårlig syn, men kunne likevel fritt oppdage og tegne fra det landlige Skottland som barn. Som sekstenåring gikk han i lære hos en arkitekt ved navn John Hutchinson fra 1884 til 1889. I løpet av denne tiden ble han også tegner hos Honeyman og Keppie, en nystartet arkitektpraksis, hvor han ble partner i 1901. Hele tiden gikk han og fikk kunstundervisning ved Glasgow School of Art. Det var i disse timene han først møtte Margaret MacDonald, som han senere giftet seg med, og hennes søster Frances MacDonald og Herbert MacNair, som også var i lære sammen med MacIntosh hos Honeyman and Keppie.
Denne kunstnergruppen, khent som «De fire», stilte ut i Glasgow, London og Wien. Disse utstillingene bidro til å bygge opp hans ry. Den såkalte «Glasgow-stilen» ble utstilt i Europa og påvirket art nouveau-bevegelsen i Wien som rundt 1900 var kjent som Sezessionstil.
Han gikk inn i et arkitektfirma i 1889 og utviklet sin egen stil: en kontrast mellom sterke, rette vinkler og blomsterinspirerte, dekorative motiver med subtile kurver, det såkalte «Mackintoshs rosemotiv», sammen med noen referanser til tradisjonell skotsk arkitektur. Prosjektet som skaffet ham internasjonal berømmelse var Glasgow School of Art (1897–1909).
The Mackintosh House (interiør, rekonstruert med originale møbler og inventar Hunterian Museum and Art Gallery, Glasgow)
Queen's Cross Church, Glasgow
Ruchill Church Hall, Glasgow
Holy Trinity Church, Bridge of Allan, Stirling
Scotland Street School, Glasgow, nå Scotland Street School Museum.
The Willow Tearooms, Sauchiehall Street, Glasgow; et av Miss Cranston's Tearooms: se Catherine Cranston for interiørutforming av hennes øvrige tea room.
Hous'hill, interiørutforming Catherine Cranston og hennes mann John Cochranes hjem (revet, møblene befinner seg i samlinger)
Selv om han i en periode nøt en viss popularitet i sitt hjemlands Skottland, ble de fleste av hans mer ambisiøse oppgaver aldri realisert. Forslagene til forskjellige prosjekter for Glasgows internasjonale utstilling i 1901 ble ikke satt ut i livet, og heller ikke hans «Haus eines Kunstfreundes» (bolig for en kunstelsker) samme år. I 1903 deltok han i arkitektkonkurransen om katedralen i Liverpool, men mistet oppdraget til Giles Gilbert-Scott.
Selv om «Haus eines Kunstfreundes» omsider ble oppført i tidsrommet (1989–1996) etter hans død, etterlot Macintosh mange utkast som aldri ble realisert:
Jernbanestasjon
Konserthall
Alternativ konserhall
Bar and Dining Room
Utstillingshall Hall
Museum for vitenskap og kunst
Kapittelhus
Katedralen i Liverpool – konkurranseforslag til anglikansk katedral
Selv om MacIntosh arkitekturproduksjon var relativt liten fikk han betydelig innflytelse på europeisk formgiving. han ble særlig populær i Østerrike og Tyskland hvor hans arbeider ble høyt ansett da de ble fremvist på Secession-utstillingen Wien i 1900. De ble også vist på utstillinger i Budapest, München, Dresden, Venezia og Moskva.
Mackintosh arbeidet også som interiørakitekt, møbler, tekstiler og, metallarbeider. mange av arbeidene kombinerer egen formgiving med sin hustrus, hvis flytende blomsterstil utfylt hans mer formelle, rettlinjeteformspråk. På samme måte som hans samtidige Frank Lloyd Wright, Mackintoshs planer for arkitekturprosjekter inneholdt ofte omfattende spesifikasjoner angående detaljer, dekor og innredning, arbeider som ble vist på Secession-ustillingen i Wien i 1900.
Senere i livet, da MacIntosh var desillusjonert angående arkitektur, arbeidet han for det meste som akvarellmaler og malte et stort antall landskapsbilder og blomsterstudier (ofte i samarbeid med Margareth) i landsbyen Walberswick i Suffolk hvor paret flyttet til i 1914. Deres stiluttrykk ble gradvis mer og mer sammenfallende. I 1923 hadde han fullstendig gitt opp arkitekturen og formgiving og flyttet til sydlige Frankrike med Margareth, hvor han konsentrerte seg helt om akvarellmaling. Han var interessert i det menneskeskapte og de naturlig forekommende landskap. Mange av hans malerier skildrer Port Vendres, en liten havneby nær den spanske grensen, og landskapet i omegnen.
MacIntosh formuttrykk oppnådde popularitet i tiårene etter hans død. Hans «Bolig for en kunstelsker» ble omsider oppført i Glasgows Bellahouston Park i 1996, og Universitetet i Glasgow (som eier mesteparten av hans akvarellarbeider), bygget opp igjen et rekkehus MacIntosh hadde tegnet og innredet det med hans og hans hustru Margareths arbeider (det er en del av universitetets Hunterian Museum. Bygningen til kunstskolen i Glasgow (nå kalt «MacIntosh-huset») er hyppig referert til som en av Stobritanias fineste bygninger blant arkitekturkritikere. Charles Rennie MacIntosh-selskapet søker å fremme forståelsen for MacIntosh som en betydelig arkitekt, formgiver og kunstner.
Mackintosh Online Søkbaronline catalog med over 1000 images - verdens største samling av MacIntosh av MacIntosh-arbeider Hunterian Museum and Art Gallery, University of Glasgow, Scotland.