Različica SARS-CoV-2 delta
Različica delta virusa SARS-CoV-2, imenovana tudi varianta delta, linija B.1.617.2 ali neustrezno indijska različica, je ena od virusnih različic SARS-CoV-2, povzročitelja covida 19.[1] Prvič so jo zaznali koncem leta 2020 v Indiji, z grško črko so jo poimenovali 31. maja 2021. Različica delta se je razširila po vsem svetu (do novembra 2022 so jo zaznali v več kot 179 državah).[2]
Legenda:
Med drugim vsebuje mutacije v genu, ki zapisuje konično beljakovino,[3] in sicer substitucije na mestih T478K, P681R in L452R,[4][5] ki vplivajo na kužnost virusa ter na občutljivost proti protitelesom proti predhodno krožečim virusnim različicam.[6] Velja za enega najbolj kužnih virusov nasploh.[7]
Različica delta je v Indiji povzročila drugi kovidni val, ki je bil več kot dvakrat večji od predhodnega vala jeseni 2020.[8] Svetovna zdravstvena organizacija je junija 2021 objavila, da je postala različica delta prevladujoča različica v svetovnem merilu.[2][9]
Kužnost različice delta je v primerjavi z divjim tipom virusa približno dvakrat večja. Krajši je tudi čas od same okužbe do dokaza virusa v organizmu.[10] Raziskava iz Kitajske je pokazala, da je pri bolniku, okuženem z različico delta, virusno breme 1200-krat večje kot pri divjem tipu.[11] Tveganje za hud potek bolezni, ki zahteva sprejem v bolnišnico, je pri različici delta dvakrat tolikšna kot pri okužbi z različico alfa.[12]
Cepljenje s protikovidnimi cepivi prepreči okužbo vsaj s 50-odstotno učinkovitostjo.[13] Tveganje za hud poteg bolezni in za smrtni izid je pri necepljenih vsaj desetkrat večje kot pri cepljenih.[14] S starostjo zaščita s cepivi upada.[15] Cepljene osebe lahko širijo okužbo v podobnem obsegu kot necepljene.[16]
Junija 2021 so se pojavila prva poročila o primerih okužb z različico delta, ki je vsebovala še dodatno mutacijo K417N.[17] Mutacija, ki jo sicer vsebujeta tudi različici beta in gama, je poskrbela za dodatno zaskrbljenost, zlasti glede zmanjšane učinkovitosti cepiv in zdravil s protitelesi ter zvečanega tveganja za ponovno okužbo že prebolelih oseb.[18] Za različico delta z dodatno mutacijo K417N se je začel uporabljati tudi izraz različica delta plus[19]
Mutacije
![Mutacije aminokislin, ki jih zapisuje genom različice delta (prikazan je odsek virusnega genoma s poudarkom na genu za konično beljakovino (angl. spike).[20]](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/4f/SARS-CoV-2_Delta_variant.svg/3439px-SARS-CoV-2_Delta_variant.svg.png)
Mutacije aminokislin, ki jih zapisuje genom različice delta (prikazan je odsek virusnega genoma s poudarkom na genu za konično beljakovino (angl. spike).[20]
![Mutacije aminokislin, ki jih zapisuje genom različice delta (prikazan je odsek virusnega genoma s poudarkom na genu za konično beljakovino (angl. spike).[20]](https://www.search.com.vn/wiki/sl/Slika:SARS-CoV-2_Delta_variant.svg)
| Gen | Nukleotid | Aminokislina |
|---|---|---|
| ORF1b | P314L | |
| P1000L | ||
| virusna konica | G142D | |
| T19R | ||
| R158G | ||
| L452R | ||
| T478K | ||
| D614G | ||
| P681R | ||
| D950N | ||
| E156del | ||
| F157del | ||
| beljakovina M (membranska beljakovina) | I82T | |
| beljakovina N (nukleokapsidna beljakovina) | D63G | |
| R203M | ||
| D377Y | ||
| ORF3a | S26L | |
| ORF7a | V82A | |
| T120I | ||
| Vira: CDC[21] Covariants.org[22] | ||
Virus različice delta (B.1.617.2) vsebuje v svoji dednini 13 mutacij (15 ali 17 po nekaterih druguh virih), ki povzročajo spremenjene aminokisline v beljakovinah, za katere nosi zapis.[23]
V genu za konično beljakovino vsebuje naslednje mutacije: 19R, (G142D), Δ156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N (po podatkih GVN)[24] oziroma T19R, G142D, del 156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R (po podatkih Genscripta).[25] Štiri med njimi so še posebej zaskrbljujoče in vse te se nahajajo v genu za konično beljakovino:
- D614G (substitucija asparaginske kisline z glicinom na položaju 614) – prisotna je tudi pri drugih zelo nalezljivih različicah, kot so različice alfa, beta in gama;[6]
- T478K[6][26] (substitucija treonina z lizinom na položaju 478);[27]
- L452R (substitucija levcina z argininom na položaju 452) – povzroči večjo afiniteto konične beljakovine za receptor ACE2,[28] imunski sistem pa virus težje prepozna;[5][29]
- P681R (substitucija prolina z argininom na položaju 681) – teoretično lahko poveča infektivnost virusa na celični ravni, in sicer s pospeševanjem cepitve prekurzorske beljakovine S v aktivno konfiguracijo S1/S2.[30]
V dednini linije B.1.617.2 mutacija E484Q ni prisotna.[30][31]
Različica delta v Sloveniji
V Sloveniji so prvi primer različice delta potrdili na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo medicinske fakultete Univerze v Ljubljani v vzorcu, ki je bil odvzet 20. aprila 2021.[32] Različica delta se je med slovenskimi bolniki maja in junija 2021 hitro širila in povsem prevladala ter izpodrinila predhodno močno razširjeno različico alfa.[33]Ostala je prevladujoča različica med slovenskimi bolniki vse do začetka januarja 2022, ko se je začela močno širiti različica omikron.[34]