严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株
本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。
引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2冠状病毒）容易发生突变而产生變異株，关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现，目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答，并影响疫苗的效力[1]，这种现象称为免疫逃避。
已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株，它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。
變異株對照表
| 最初檢出 | 代號 | 重要突变 | 传播 | 相对于武汉首次发现变体的临床变化 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 地區 | 日期 | WHO标签[2] | PANGO谱系 | PHE变种[3] | Nextstrain分化枝 | 传播力 | 致命性 | 抗原性 | ||
 奈及利亞 | 2020年8月[4] | — | B.1.1.207 | — | — | P681H[5] | 多国[6] | 无变化[5] | 无变化[5] | |
 英国 | 2020年9月[2][7] | Alpha[A] | B.1.1.7[8] | VOC-20DEC-01 | 20I (V1)[9] | N501Y, 69–70del, P681H[5][10][11][12] | 全球[7] | 增高≈82% (43–130%) [13] | 正在调查 | 抗体中和效力略降低[14] |
| 2021年1月[3] | B.1.1.7#E484K[3] | VOC-21FEB-02 | 20I (V1) | N501Y, 69–70del, P681H,[5][15] E484K | 多國 | 正在调查 | 正在调查 | 正在调查 | ||
 丹麥 | 2020年9月[16] | — | B.1.1.298[17] | — | — | Y453F, 69–70deltaHV[18] | 可能灭绝[19] | |||
 南非 | 2020年5月[2] | Beta[A] | B.1.351[5][8] | VOC-20DEC-02 | 20H (V2)[20] | N501Y, K417N, E484K[5][21][22][23][24][25] | 多国[26] | 增高≈50% (20–113%) | 无变化[27] | 显著降低抗体中和效力 |
 日本 巴西 | 2020年11月[2] | Gamma[A] | P.1譜系[10][8] | VOC-21JAN-02 | 20J (V3)[31] | N501Y, E484K, K417T[5][32][33][34] | 美国、巴西等68国[35] | 增高≈161% (145–174%) | 致命性增高≈50% (20–90%) | 抗体中和效力降低 |
 印度 | 2020年10月[2] | Delta[A] | B.1.617.2[39] | VOC-21APR-02 | 21A[40] | T478K, L452R, P681R | 多国 | 增高≈198% | 正在调查[F] | 抗体中和效力降低[46][30] |
 美國 | 2020年3月[2][47] | Epsilon | B.1.427，B.1.429[47][48] | — | 21C[49] | L452R[48] | 多国[48] | 增高≈20% (18.6%–24.2%) | 恢复期和疫苗接种后血清中和效力降低 | |
| 巴西 | 2020年4月[51] | Zeta | P.2 | VUI-21JAN-01 | 20B/S.484K[52] | E484K，D614G，V1176F[53] | 多国[51] | 单克隆抗体中和效力可能降低，疫苗接种后血清中和效力降低 | ||
| 英国 奈及利亞 | 2020年12月[2][54] | Eta | B.1.525[55] | VUI-21FEB-03 | 21D[56] | E484K, F888L[55] | 加拿大、美国、德国等69国[54] | 单克隆抗体、恢复期和疫苗接种后血清中和效力可能降低 | ||
 菲律賓 | 2021年1月[2] | Theta | P.3[57] | VUI-21MAR-02 | 21E[58] | E484K，N501Y，P681H，141–143del[59] | 菲律宾、美国等17国[57] | |||
| 印度 | 2020年10月[2] | Kappa | B.1.617.1[39] | VUI-21APR-01 | 21B[60] | E484Q, L452R, P681R[61] | 多国 | 抗体中和效力降低[46] | ||
 秘魯 | 2020年8月[62] | Lambda | C.37[63] | VUI-21JUN-01 | 21G[64] | G75V，T76I，247-253del，L452Q，F490S，D614G，T859N[65] | 智利、美国、祕魯等44國[63] | |||
 哥伦比亚 | 2021年1月 | Mu | B.1.621 | VUI-21JUL-1 | 21H | T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484K N501Y、D614G、P681H、D950N | 哥倫比亞、美國等60國 | |||
 博茨瓦纳 | 2021年11月 | Omicron[A] | B.1.1.529 | VUI-21NOV-1 | 21K | A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211 L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375F K417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484A Q493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547K D614G、H655Y、N679K、P681H、N764K | 博茨瓦纳、南非等数国 | 有可能提高[66] | 相对于 Delta：−63% (69–74%) [67] | 疫苗对有症状疾病的免疫效果降低 |
命名法
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统，分别由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。[2]
2021年5月31日，世界卫生组织宣布为重要變種病毒提供希臘字母标签，為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。[68]其中，命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導，有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆，至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍，為了避免「對區域的汙名化」[69][70][71][72]。
支序演化树
以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。[75]
| SARS-CoV-2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
關注度之基準
現階段的主流變異株
需要關注的變異株（VOC）
病毒变异是一个自然随机过程，並引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率，及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界的主要變異株为最早发现于非洲南部由希腊字母「Omicron」标记。
Omicron（B.1.1.529谱系）
B.1.1.529變異株（WHO命名為Omicron[109][110][111]）是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈：這個變異株有超過50個突變[112]，而單單在刺突蛋白的突變也有32種[110][113][112]。
- 於2021年11月，在非洲南部的波札那和南非發現[112][114][111]。
- 2021年11月24日，升級為「VUM」等級。
- 2021年11月26日，再升級為「VOC」等級。
- 目前變種分支亞型：BA.1（標準亞型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，總共超過千種以上的「次分支」、「子代」及「重組」變異株。
目前「VOC-VOI」等級（需要留意）變異株
- XBB.1.5：被稱為「海怪克拉肯」（Kraken）
- XBB.1.16：被稱為「大角星」（Arcturus）
- EG.5：被稱為「艾里斯」（Eris）
- BA.2.86：被稱為「皮羅拉」（Pirola）
- JN.1
過去的主流變異株
需要关注的变异株（Previous VOC）
Alpha（B.1.1.7谱系）
B.1.1.7谱系，WHO命名为“Alpha”，又称VOC 202012/01，並称501Y.V1变种。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
- 在2020年9月，首次从英国東南方的肯特郡（Kent）所發現采集的样本中发现[115]。
- 2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。
Beta（B.1.351谱系）
B.1.351谱系，WHO命名為「Beta」，又称501Y.V2变种。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關，与先前的新冠病毒变种相比，501Y.V2变种的传染率增加约50%。[116]有证据表明，501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度[117]。。
- 2020年5月，在南非东开普省的纳尔逊·曼德拉湾发现。
- 2020年12月18日，被南非科学家和卫生官员报道。[118][119]
- 2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。
Gamma（P.1谱系）
P.1谱系，WHO命名為「Gamma」，又称501Y.V3变种。包括三個相關突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
- 2020年11月，在巴西发现。
- 2021年1月2日，在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现，由日本国立感染症研究所报道[117]。
- 2021年1月11日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。
Delta（B.1.617.2谱系）
B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变變異株。直到2021年1月前，该變異株的感染人数都寥寥无几。4月时该變異株已经蔓延至超过20个国家，遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。[120][121][122]
在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D（同义突变）、G142D[123]、P681R、E484Q[107]、L452R[124]，其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。[125]
英国公共卫生部于5月7日将B.1.617.2列为“高關注變異株”，命名为VOC-21APR-02。[96][126]
5月10日WHO称，因为B.1.617较高的传染性，该变异正被列为全球范围内受关切变种[127]。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2（Delta）变种。[128] 稍后WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。
5月21日，越南宣布发现一种传播性更高，由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株。[129]6月3日，WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义，并将其列为带有突变的Delta变种。[130]
据报道，Delta變異株基本传染数R0大约为6（有说法称其高达8或9）[131]，是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。[132]
- 2021年4月4日，為升級為「VOI」等級。
- 2021年5月11日，為升級為「VOC」等級。
- 2022年6月7日，降級為「Previous VOC」等級。
需要留意的变异株(Previous VOI)
Epsilon（B.1.427譜系、B.1.429譜系）
B.1.427譜系、B.1.429譜系，WHO命名為「Epsilon」，於2020年3月在美國加州首次發現。
- 2021年3月5日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。
Zeta（P.2譜系）
P.2譜系，WHO命名為「Zeta」，於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
- 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。
Eta（B.1.525譜系）
B.1.525譜系，WHO命名為「Eta」，於2020年12月在奈及利亞首次發現。
- 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。
Iota（B.1.526譜系）
B.1.526譜系，WHO命名為「Iota」，於2020年11月在美國紐約首次發現。
- 2021年3月20日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。
Theta（P.3譜系）
P.3譜系，WHO命名為「Theta」，於2021年1月在菲律賓首次發現。
- 2021年3月24日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。
Kappa（B.1.617.1）
B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」，WHO命名為「Kappa」，於2020年10月在印度首次發現。
- 2021年4月4日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。
Lambda（C.37谱系）
C.37譜系，WHO命名為「Lambda」，於2020年8月在秘魯首次發現。
- 2021年6月14日，升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。
Mu（B.1.621譜系）
B.1.621譜系，WHO命名為「Mu」，於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
- 2021年8月30日，升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。
备注
参见
参考文献
外部链接
- WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Living Evidence - SARS-CoV-2 variants （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Coronavirus Variants and Mutations （页面存档备份，存于互联网档案馆）