Im spanischen Fußball ist die Teilnahme von zweiten Mannschaften in der Segunda División erlaubt. Bilbao Athletic B darf jedoch nicht an der Copa del Rey teilnehmen. Für den Verein dürfen Spieler unter 23 Jahren und Profis unter 25 Jahren spielen.
Das Team wurde 1964 zurück ins Leben gerufen, nachdem im Zweiten Weltkrieg schon eine Mannschaft mit dem Namen Bilbao Athletic existiert hatte.
1969 stiegen sie erstmals in die Segunda División auf, die Mannschaft hielt sich jedoch nur ein Jahr in der zweiten Liga. Nachdem man zwischenzeitlich sogar viertklassig gewesen war, stieg man 1983 wieder in die Segunda División auf. In der Wiederaufstiegssaison wäre man sogar in die Primera División aufgestiegen, jedoch dürfen zweite Mannschaften nicht in die erste Liga aufsteigen. 1988 stieg man für ein Jahr wieder ab, ehe man 1996 für längere Zeit abstieg. 2015 erreichte man nach guten Leistungen in den vorherigen Saisons den Wiederaufstieg, nachdem man den FC Cádiz im Aufstiegsplayoff besiegt hatte. Aktuell spielt sie drittklassig in der ersten Gruppe der Primera División RFEF.
