Die Challenge League 2012/13 war die 116. Spielzeit der zweithöchsten Schweizer Spielklasse im Fussball der Männer. An der Challenge League nahmen nach der Reduktion zehn Mannschaften teil, die alle schon in der vorherigen Saison in der Challenge League gespielt hatten, da es aufgrund der Reduktion keine Aufsteiger gab und aufgrund des Konkurses von Neuchâtel Xamax in der vorherigen Saison auch keinen Absteiger. Der FC Aarau gewann die Meisterschaft mit grossem Vorsprung und stieg Ende Saison in die Super League auf. Der Tabellenzweite AC Bellinzona erhielt Ende Saison keine Spiellizenz für die Challenge League und musste anstelle des FC Locarno in die 1. Liga Promotion absteigen.
Die Challenge League wurde zu dieser Saison von 16 auf neu 10 Teams verkleinert.
Wie in der Super League traten die zehn Vereine je viermal gegen jeden Gegner an, zweimal im heimischen Stadion, zweimal auswärts. Insgesamt absolvierte so jedes Team 36 Spiele.
Der Erstplatzierte stieg Ende Saison in die Super League auf, der Letztplatzierte in die 1. Liga Promotion ab.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der mittleren Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
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