Die Saison begann im März und endete im Oktober. Die 20 Vereine spielen eine Halbserie mit 19 Spielen zusammen. Danach qualifizieren sich die 11 besten Vereine für die K3 League Advance. Die anderen verbliebene 12. bis 15. Tabellenplatzvereine spielen in den Play-offs um die K3 League Advance 2017. Die anderen 8 Vereine werden nächste Saison in der K3 League Basic spielen.
Im Meisterschaftsturnier spielen die 5. besten Teams um die Meisterschaft. Der 2. Platzierte spielt gegen den 5. Platzierten und der 3. gegen den 4. Platzierten. Die Gewinner dieser Runde, spielen im Halbfinale gegeneinander. Der Gewinner des Halbfinales, spielt im Finale gegen den 1. Platzierten, FC Pocheon um die Meisterschaft. Der Gewinner des Finales, ist K3-League Meister 2016.
1:0 Kim Sang-kyu (48); 2:0 Kim Won-min (49); 3:0 Ji Kyeong-deuk (57); 3:1 Kim Kyu-min (76); 3:2 Kim Jun-young (78); 4:2 Kim Sang-kyu (90)
Anmerkung: Damit ist der FC Pocheon K3-League 2016-Meister.
Aufstiegsspiele
In den Aufstiegsspielen spielen die 12. bis 15. Platzierten um den Aufstieg in die K3 Advance. In der ersten Runde muss der 12. gegen den 15. Platzierten und der 13. gegen den 14. Platzierten spielen. Die Gewinner dieser Spiele spielen im Finale um den Aufstieg. Der Gewinner steigt in die K3 Advance auf.