Aeropuerto Internacional Eloy Alfaro

El acceso y uso de la pista y una porción del Aeropuerto de Manta fue cedido al Comando Sur de los Estados Unidos, por convenio intergubernamental desde el año de 1999 hasta 2009, para la lucha contra el narcotráfico en el noroeste de América del Sur.^[1]​ La base de Manta permitió a Estados Unidos observar el movimiento de narcotraficantes y enviar la información a las autoridades y militares de la región. Se construyeron edificaciones y plataformas para uso de los militares norteamericanos y se reconstruyó la pista 05/23 utilizando material de mayor resistencia con miras a soportar las operaciones de las aeronaves más pesadas del mundo, tanto civiles como militares.

El convenio, firmado en el 1999 por el presidente Jamil Mahuad, por el cual se le cedió las instalaciones de la base militar por diez años, fue causa de animosidad y repudio por varios sectores de la sociedad ecuatoriana. Entre los argumentos en contra se encontraban: la pérdida de soberanía por la presencia de militares foráneos en territorio; el rechazo general a las fuerzas armadas de Estados Unidos; y el posible uso de la base para operaciones del Plan Colombia.

El expresidente Rafael Correa, al igual que la exministra de defensa, Guadalupe Larriva, prometió durante su campaña no renovar el convenio que permite el acceso y uso de la base, especialmente bajo las mismas condiciones. En septiembre de 2009 las fuerzas estadounidenses abandonaron finalmente las instalaciones.^[1]​

Tras el terremoto que asoló Ecuador en 2016, su torre de control se desplomó sobre el pavimento y la terminal de pasajeros sufrió cuantiosos daños.^[2]​^[3]​Provisionalmente se instaló una torre de control móvil, que había servido en el aeropuerto de Cumbaratza en 2012 durante las obras del aeropuerto Ciudad de Catamayo, y una terminal de pasajeros también provisional.^[4]​

El actual aeropuerto fue construido con un préstamo del Eximbank chino durante el gobierno de Lenín Moreno. Las obras iniciaron en 2018 y tuvieron un coste inicial estimado de 25,5 millones de dólares.^[5]​ Fueron finalizadas e inauguradas bajo el gobierno de Guillermo Lasso en 2022, con un coste final de 27,7 millones de dólares.^[6]​^[7]​

El 19 de febrero de 2024, el gobierno de Daniel Noboa afirmó que se estaba buscando una fórmula para que una empresa público-privada administrase y opere el aeropuerto, como ya se hace en los aeropuerto de Cuenca (CORPAC-Corporación Aeroportuaria de Cuenca), Quito (Quiport-Corporación Quiport S. A.) y Guayaquil (TAGSA-Terminal Aeroportuaria de Guayaquil S. A.).^[8]​

Destinos nacionales

Destinos nacionales

Destinos	Aeropuertos	Aerolíneas	Frecuencias semanales
Quito, Pichincha	Aeropuerto Internacional Mariscal Sucre	Avianca Ecuador	13
		LATAM Ecuador	10

Destino internacional

Destinos internacionales

Países	Destinos	Aeropuertos	Aerolíneas	Frecuencias semanales
Panamá Panamá	Ciudad de Panamá	Aeropuerto Internacional de Tocumen	Copa Airlines	4

Futuros destinos

Destinos internacionales

Países	Destinos	Aeropuertos	Aerolíneas	Notas
Ecuador  Ecuador	Quito, Pichincha	Aeropuerto Internacional Mariscal Sucre	EcuaCóndor	Destino solicitado.[9]​
			Sky Airline Ecuador	Pendiente de inicio.[10]​[11]​
Estados Unidos	Fort Lauderdale	Aeropuerto Internacional de Fort Lauderdale-Hollywood	Spirit Airlines	Proyecto de inicio: junio de 2024.[12]​

• El 22 de octubre de 1996 un Boeing 707 de Millon Air, configurado para carga, despegó del Aeropuerto Internacional Eloy Alfaro, con un cargamento de pescado y rosas, con destino a Miami, Estados Unidos. A los pocos minutos despegar hubo fallas mecánicas y un incendio de uno de los cuatro motores, el aparato se precipitó a tierra cayendo en el barrio de la Dolorosa ubicado en el centro de Manta, 40 viviendas del barrio y la iglesia de la Dolorosa, fueron destruidas al momento que avión se estrelló, y murieron 32 personas incluidos los 3 tripulantes de aparato, está considerado como uno de mayores accidentes aéreos en la historia del Ecuador.
• El 7 de junio de 2011 A las 05:45 una avioneta de la F.A.E que venía del Aeropuerto Mariscal Sucre perdió un tren de aterrizaje secundario al aterrizar. Sus 35 ocupantes resultaron ilesos del percance.
• El 16 de abril de 2016 la torre de control de la terminal aérea se desplomó por el terremoto de 7,8 grados que sacudió la costa ecuatoriana, el aeropuerto sufrió daños severos en su infraestructura y comunicación aérea, con excepción de la pista. El 26 de abril, el Departamento de Defensa de los Estados Unidos y la Oficina de Asistencia para Desastres en el Extranjero (OFDA) entregaron una torre móvil provisional para el control de tráfico aéreo, por ser el principal centro logístico para la llegada de las aeronaves con provisiones de ayuda humanitaria a la zona del desastre.