Du au , il suit le cycle préparatoire au concours interne d'entrée à l'École nationale d'administration[6]. Admis au concours en 2005, il décide cependant de démissionner en début de scolarité[7].
Il est membre du laboratoire SIRICE (Sorbonne, Identités, Relations Internationales et Civilisations de l'Europe ), UMR 8138 Paris1 - Paris4 - CNRS[11] (auparavant membre de l’Institut des mondes africains) et directeur du master professionnel Coopération internationale en Afrique et au Moyen-Orient (CIAMO)[12], qu’il a contribué à fonder à Paris 1 en 2014, et codirecteur de collection « Bibliothèque des pays d'Islam » aux Publications de la Sorbonne[13].
En 2020-2021, il est affecté en délégation CNRS auprès de l'IRMC (Institut de recherche sur le Maghreb contemporain) à Tunis.
Il est aussi président de la Société française d'histoire d'Outre-Mer (SFHOM), directeur du conseil scientifique de la Fondation pour la mémoire de la guerre d'Algérie et des combats du Maroc et de Tunisie (FM-GACMT) et président du conseil scientifique du LAIC (Laboratoire d'analyse des idéologies contemporaines)[14].
Le Maroc en transition, La Découverte, Paris, 2001 ; Poche, 2002[15]
La Formation des élites au Maroc et en Tunisie. Des nationalistes aux islamistes, 1920-2000, Recherches, coédité à La Découverte, Paris, 2002 Texte remanié de la thèse de doctorat : « La formation des élites par l'enseignement supérieur moderne au Maroc et en Tunisie au XXe siècle », Paris 8, 2000.
Édition marocaine : Maroc, élite et pouvoir, Alizés, Rabat, 2002
Histoire du Maroc depuis l’indépendance, Repères, La Découverte, Paris, 2002 ; rééd. 2006, 2010, 2016[16]
Maghreb : la démocratie impossible ? Fayard, Paris, 2004 ; rééd. Poche Pluriel avec postface, Maghreb, aux origines de la révolution démocratique, 2011[17]
Idées reçues sur le Maroc, Le Cavalier bleu Éditions, Paris, 2007 ; rééd. 2010
Le Maroc de Mohammed VI, la transition inachevée, La Découverte, Paris, 2009 ; Poche 2011
Idées reçues sur le Maghreb, Le Cavalier bleu Éditions, Paris, 2010
Misère de l’historiographie du « Maghreb » postcolonial (1962-2012), Publications de la Sorbonne, Paris, 2012
Le Choc des décolonisations, de la guerre d'Algérie aux printemps arabes, Odile Jacob, Paris, . Réed. Poche Odile Jacob, 2023.
La France en terre d'islam. Empire colonial et religions, XIXe – XXe siècles, Belin, coll. « Histoire », Paris, 2016 ; Texto Tallandier, 2020
Histoire du Moyen-Orient de l'empire ottoman à nos jours. Au-delà de la question d'Orient, avec Olivier Bouquet et Philippe Pétriat, aux éditions de la Sorbonne, coll. « Libres cours », Paris, 2016 (ISBN2-85944-970-1)
Dissidents du Maghreb, depuis les indépendances, Khadija Mohsen-Finan et Pierre Vermeren, Belin Histoire, Paris, (ISBN978-2-410-00534-9)
Les Frères musulmans à l'épreuve du pouvoir. Égypte, Tunisie (2011-2021), Sarah Ben Nefissa et Pierre Vermeren (dir.), Odile Jacob, Paris, 2024.
Idées reçues sur le Monde arabe (dir.), Le Cavalier bleu, Paris, 2012
Autour des morts de guerre (sous la dir. de Raphaëlle Branche, Nadine Picaudou et Pierre Vermeren), Publications de la Sorbonne, Paris, 2013
Une histoire du Proche-Orient au temps présent. Études en hommage à Nadine Picaudou (sous la dir. de Philippe Pétriat et Pierre Vermeren), Publications de la Sorbonne, Paris, 2015
La Promesse du printemps, Tunisie, 2011-2017, édition complétée en France et préfacée du livre de Aziz Krichen, éditions de la Sorbonne, coll. « Aux quatre vents », Paris, 2018 (ISBN979-10-351-0059-9)[19]
Politique et confréries au Maghreb et en Afrique de l'Ouest (éditeurs invités Odile Moreau et Pierre Vermeren), vol. 7, éditions Claire Maisonneuve, coll. « Journal d'histoire du soufisme », , 232 p. (ISBN978-2-7200-1221-1, présentation en ligne)
Comment peut-on être Berbère? Amnésie, renaissance, soulèvements (dir.), Riveneuve, Paris, 2022, 419 p. (ISBN978-2-36013-645-2)
Le Monde arabe et la Seconde Guerre mondiale. Guerre, société, mémoire. Histoires en partage en Afrique du Nord et au Moyen-Orient, (dir.) coauteurs : Julie D' Andurain, Alya Aglan, Fayçal Chérif, Mohamed Lazhar Gharbi, Hedi Jellab et Pierre Vermeren, tome 1, Hémisphères, Paris, 8 décembre 2022, 384 p.
La guerre de près et de loin, XXe – XXIe siècles, édité par Alya Aglan, Yann Richard, Pierre Vermeren (dir), Éditions de la Sorbonne, Paris, 2023, 272 p.
L'Empire colonial français en Afrique - Capes Histoire-Géographie. Métropole et colonies, sociétés coloniales, de la conférence de Berlin (1884-85) aux Accords d'Évian, Pierre Vermeren (dir.), Paris, Armand Colin, 2023, 268 p., (ISBN978-2200636487)
Qui a sauvé des Harkis? Témoignages et matériaux sur une histoire méconnue (dir.), Riveneuve - Fondation pour la Mémoire de la guerre d'Algérie et des combats du Maroc et de Tunisie, Paris, 2024.
Pierre Vermeren, « France- Algérie, Le salut par l’histoire », in dossier « Algérie-France, réflexions et matériaux sur un interminable divorce », Outre-Mers, 2022/1 (n°414-415), SFHOM, Paris, p. 7-25.
En janvier 2021, Pierre Vermeren est co-signataire de l’Appel de l’Observatoire du décolonialisme et des idéologies identitaire[20],[21], aux côtés de 75 autres universitaires. Depuis, il contribue à ce site web[22],[23], créé fin 2020 pour « mettre un terme à l’embrigadement de la recherche et de la transmission des savoirs » et pour faire face aux idéologies « décoloniale, woke et intersectionnelle »[24].
Dans une de ses contributions à l’Observatoire[25], Pierre Vermeren affirme que « le puissant courant islamo-gauchiste a table ouverte dans les médias français. » Selon lui, ce « foyer idéologique » justifierait le terrorisme. Il regroupe « des maisons d’édition, des collections chez de grands éditeurs, des revues et des journaux (rarement les plus grands), des sites associatifs et des revues en lignes, des associations et des sections syndicales, des blogs et des think-tanks, des cours de formation continue, des colloques internationaux et des programmes de recherche européens[25]. »