* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 08:58, 14 November 2022 (UTC) ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 21 June 2019
Sebagai pencetak gol termuda Prva HNL yang pernah ada dan pemain debutan termuda untuk tim nasional Kroasia, ia dianggap sebagai salah satu talenta muda paling menjanjikan dari sepak bola Eropa.[3][4]
Pada tanggal 27 Maret 2014, FC Barcelona mencapai kesepakatan dengan Dinamo Zagreb untuk transfer Alen selama lima tahun.[5]
Halilovic memulai kariernya bermain di tingkat pemuda untuk Dinamo Zagreb. Pada bulan Juni 2012, ia menandatangani kontrak profesional dengan Dinamo.[6] Pada tanggal 27 September 2012, ia membuat debut untuk tim pertama dalam kemenangan 3-1 atas Hajduk Split, saat ia menggantikan Sammir selama sepuluh menit akhir pertandingan . Ini membuatnya menjadi debutan termuda dalam sejarah Dinamo Zagreb, pada usia 16 tahun 101 hari (5945 hari).[7][8] Pada pertandingan putaran berikutnya melawan Slaven Belupo, ia kembali datang dari bangku cadangan dan mencetak gol dalam kemenangan 4-1. Ini membuatnya menjadi pencetak gol termuda dalam sejarah liga, pada usia 16 tahun 112 hari (5956 hari), memecahkan rekor yang dibuat pada November 2010 oleh rekan setimnya Mateo Kovacic.[9][10] Pada 24 Oktober 2012, ia menjadi pemain termuda yang pernah tampil dalam pertandingan Liga Champions setelah kalah 0–2 melawan raksasa Prancis PSG.