염기쌍(塩基雙, 영어: base pair)은 핵산을 이루고 있는 염기들 중에 수소 결합(hydrogen bond)이 가능한 두 염기들이 연결된 것을 가리킨다. 왓슨-크릭 염기쌍(Watson-Crick DNA 염기쌍)의 경우 아데닌(A)과 티민(T)의 쌍, 구아닌(G)과 사이토신(C)의 쌍이 있다. RNA의 경우 티민은 우라실(U)로 대체된다. 그외에 워블 염기쌍이나 후그스틴 염기쌍도 존재한다.
예
다음의 DNA 수열은 한 쌍의 겹가닥 패턴을 나타낸다.
염기쌍 DNA 수열:
ATCGATTGAGCTCTAGCG
TAGCTAACTCGAGATCGC
일치하는 RNA 수열. 여기서 티민이 우라실로 대체되는데, 우라실은 RNA 가닥에 놓인다:
