O clube foi fundado de 1947. Durante a fase em que a Lituânia era parte da União Soviética, foi o clube dominante do país no período, tendo vencido a Segunda Divisão em 1982.
Com a independência da Lituânia em 1991, o Žalgiris (renomeado Žalgiris-EBSW em 1993) manteve sua hegemonia no futebol nacional, conquistando três Campeonatos nacionais (1991, 1992 e 1999), seis Copas da Lituânia (1991, 1993, 1994, 1997, 2003 e 2012) e uma Supercopa (2003).
2008 este clube faliu.
2009 um novo clube foi fundado com VMFD "Žalgiris". Em 25 de novembro de 2014, depois de resolver disputas legais, o VMFD "Žalgiris" tornou-se o FK "Žalgiris". O clube que se tornou oficialmente o lendário membro do clube na Lituânia começou a contar sua história desde 1947.[1]
25 de novembro de 2014, após a resolução de disputas legais, o VMFD "Žalgiris" tornou-se FK "Žalgiris".[1] Oficialmente uma continuação da lendária história do clube lituano, o clube começou a recontar sua história desde 1947
O clube lituano também é o time de futebol com mais participações na Liga dos Campeões da UEFA na região dos Bálticos (Na verdade o único), com duas participações,em 1981-82 e 1983-84. E retrospectivamente o único a chegar até a fase mata-mata do torneio,esse feito aconteceu em 1981-82 quando chegou ás Oitavas de Final,mas foi eliminado pelo Estrela vermelha
No começo de 2015 o time lituano realizou uma excursão ao Brasil.[2] Primeiramente o time lituano jogou pelo Granada Cup 2015 contra Gama e Goiás, depois viajou a Recife para enfrentar o Santa Cruz na Taça Chico Science e por fim foi a Goiás para jogar um amistoso contra o Vila Nova.
