FASTA format
Format FASTA – format zapisu sekwencji kwasów nukleinowych oraz białek używany w bioinformatyce. Nukleotydy (dla DNA i RNA) oraz aminokwasy (dla białek) oznaczone są jednoliterowymi skrótami. Format FASTA uwzględnia również możliwość dodawania opisów i komentarzy do sekwencji.
Format
Dane zapisane w formacie FASTA składają się z pojedynczej linii tekstu zawierającej opis sekwencji oraz z kolejnych linii zawierających samą sekwencję. Linia z opisem rozpoczyna się od znaku "większe niż" (">"). Pierwsze słowo po tym znaku służy jako identyfikator sekwencji. Dalej w tej samej linii umieszczany jest opis. W kolejnych liniach znajduje się ciąg znaków składający się na sekwencję. Przykładowa sekwencje w formacie FASTA wygląda tak:
>Keratyna 5, egzon 2, Homo sapiensGTGCGGTTCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTTCTGGACACCAAGTGGACCCTGCTGCAGGAGCAGGGCACCAAGACTGTGAGGCAGAACCTGGAGCCGTTGTTCGAGCAGTACATCAACAACCTCAGGAGGCAGCTGGACAGCATCGTGGGGGAACGGGGCCGCCTGGACTCAGAGCTGAGAAACATGCAGGACCTGGTGGAAGACTTCAAGAACAA
Oznaczenia literowe
Nukleotydy są oznaczane za pomocą:
| Symbol | Znaczenie |
|---|---|
| A | adenozyna |
| C | cytozyna |
| G | guanina |
| T | tymidyna |
| U | uracyl |
| R | G A (puryna) |
| Y | T C (pirymidyna) |
| K | G T (grupa ketonowa) |
| M | A C (grupa aminowa) |
| S | G C (silne oddziaływanie) |
| W | A T (słabe oddziaływanie) |
| B | G T C (nie A, B jest po A) |
| D | G A T (nie C, D jest po C) |
| H | A C T (nie G, H jest po G) |
| V | G C A (nie T, V jest po U) |
| N | A G C T (którykolwiek, od ang. any) |
| X | zamaskowany |
| - | przerwa nieokreślonej długości |
Aminokwasy są określane za pomocą:
| Symbol | Znaczenie |
|---|---|
| A | alanina |
| B | kwas asparaginowy lub asparagina |
| C | cysteina |
| D | kwas asparaginowy |
| E | kwas glutaminowy |
| F | fenyloalanina |
| G | glicyna |
| H | histydyna |
| I | izoleucyna |
| K | lizyna |
| L | leucyna |
| M | metionina |
| N | asparagina |
| O | pirolizyna |
| P | prolina |
| Q | glutamina |
| R | arginina |
| S | seryna |
| T | treonina |
| U | selenocysteina |
| V | walina |
| W | tryptofan |
| Y | tyrozyna |
| Z | kwas glutaminowy lub glutamina |
| X | którykolwiek |
| * | koniec translacji |
| - | przerwa nieokreślonej długości |