Fundado em 1959 como South Melbourne Hellas, o South Melbourne é uma das mais tradicionais equipes de futebol da Austrália, juntamente com o Wollongong Wolves, o Adelaide City e o Perth Kangorous (precursor do atual Perth Glory). Venceu quatro edições da National League (1984, 1991, 1998, 1999), duas Copas da Austrália (1990, 1996) e uma Copa dos Campeões da Oceania (1999).
Com a criação da A-League em 2005, depois que o campeonato seria disputado apenas por equipes fundadas pouco tempo antes, o South Melbourne foi obrigado a disputar as divisões inferiores do país, e atualmente compete na National Premier Leagues Victoria (segundo nível do sistema de ligas do futebol australiano). Seus principais rivais são Melbourne Knights, Heidelberg United, Preston Lions, Sydney Olympic e Perth Glory
O South Melbourne tem como principal feito ter sido a primeira equipe australiana a ter disputado a Copa do Mundo de Clubes da FIFA em sua primeira edição em 2000[2], sendo integrante do grupo B com sede no Rio de Janeiro, no estádio do Maracanã perdendo todas as partidas disputadas (Vasco da Gama 2x0; 1x3 Necaxa; Manchester United 2x0). John Anastasiadis foi o autor do único gol da equipe na competição.
O South Melbourne faz o derby de Melbourne com o Melbourne Knights. Também faz o derby grego com o Heidelberg e também tem uma rivalidade clássica com o Preston Lions.
O South Melbourne contratou em março de 2006 o atacante brasileiro Fernando Rech, que atuava no Adelaide United (clube que disputa a A-League).
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