Nextstrain är ett samarbete mellan forskare i Seattle, USA,[1] och Basel, Schweiz,[2] som tillhandahåller en samling verktyg med öppen källkod för att visualisera genetiken bakom hur virussjukdomar sprids vid utbrott. [3]

Organisationens syfte är att ge stöd åt arbete folkhälsa och övervakning av smittsamma sjukdomar, genom att förbättra förståelsen av hur patogener sprids och utvecklas. Nextstrain-plattformen tog sitt avstamp 2015.[2] Källkoden som utvecklats av Nextstrain offentliggörs genom github och all data är tillgänglig på webbplatsen.[4]

Applikationer

Nextstrain tillhandahåller en uppdaterad analys av följande patogeners genuppsättning:[5]

Covid-19-pandemin

Nextstrain och dess resultat har ofta citerats under Coronaviruspandemin 2019–2021.[6][7]

Se även

Referenser