Giải bóng đá trong nhà vô địch quốc gia 2016 – Giai đoạn 2

Giai đoạn 2 diễn ra bắt đầu từ ngày 27 tháng 3 năm 2016
Thời gian, địa điểm cho các cặp thi đấu chưa được xác định
Theo quy ước thống kê trong bóng đá, các trận đấu quyết định ở hiệp phụ được tính là trận thắng và trận thua, trong khi các trận đấu bằng cách quyết định bằng phạt đền được tính là trận hòa.

VT	Đội x t s	ST	T	H	B	BT	BB	HS	Đ	Kết quả
1	Sanna Khánh Hòa	0	0	0	0	0	0	0	0	Chiến thắng mùa giải
2	Thái Sơn Bắc	0	0	0	0	0	0	0	0	Á quân
3	Thái Sơn Nam	0	0	0	0	0	0	0	0
4	Sanatech KH	0	0	0	0	0	0	0	0
5	Tân Hiệp Hưng	0	0	0	0	0	0	0	0
6	Hoàng Thư	0	0	0	0	0	0	0	0
7	Sài Gòn F.C.	0	0	0	0	0	0	0	0
8	Cao Bằng	0	0	0	0	0	0	0	0