Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Các hạt ribosome được phân biệt theo hệ số lắng của chúng với đơn vị là Svedberg (S). Tiểu phần 60S là tiểu đơn vị lớn của ribosome 80S của sinh vật nhân chuẩn. Tiểu phần này có cấu trúc và chức năng liên quan đến tiểu phần 50S của ribosome 70S ở bọn nhân sơ.^[1]^[2]^[3]^[4]^[5]^[6] Tuy nhiên, tiểu đơn vị 60S là lớn hơn nhiều so với tiểu đơn vị 50S của nhân sơ và chứa nhiều phân đoạn protein bổ sung, cũng như các đoạn mở rộng ARN ribosome.

Cấu trúc chung

Đặc điểm đặc trưng của tiểu đơn vị lớn, được hiển thị bên dưới trong "Crown View", bao gồm một vùng lồi lên ở trung tâm (CP) và hai nhánh hai bên, được đặt tên theo thành phần protein vi khuẩn của chúng (nhánh L1 ở bên trái như được thấy từ mặt trong tiểu đơn vị và nhánh L7 / L12 ở bên phải). Có ba vị trí cho tRNA gắn vào, là miền A, miền P và miền E (xem bài viết về Dịch mã để biết chi tiết). Lõi của tiểu đơn vị 60S được hình thành bởi RNA ribosome 28S (viết tắt là 28S rRNA), tương đồng với rRNA 23S ở nhân sơ, cũng góp phần vào vị trí hoạt động (lõi của peptidyl transferase, PTC) của ribosome.^[2]^[4] rRNA lõi được đi kèm với hàng chục protein. Trong hình "Cấu trúc tinh thể của tiểu đơn vị ribosome nhân thực 60S từ T. thermophila", lõi rRNA được biểu diễn là một dải màu xám và các đoạn mở rộng được thể hiện bằng màu đỏ. Protein có tương đồng ở cả sinh vật nhân chuẩn, vi sinh vật cổ và vi khuẩn được thể hiện là dải màu xanh. Protein chỉ được giống nhau giữa các sinh vật nhân chuẩn và vi sinh vật cổ được thể hiện là các dải màu cam và các protein đặc trưng cho sinh vật nhân chuẩn được biểu hiện là các dải màu đỏ.

Cấu trúc tinh thể của tiểu phần ribosome 60S ở sinh vật nhân thực từ T. thermophila

Tiểu phần 60S nhìn từ mặt trong tiểu phần, PDB chỉ ra 4A17, 4A19
Tiểu phần 60S nhìn từ mặt tiếp xúc với dung môi, PDB chỉ ra 4A17, 4A19

Các protein ribosome của tiểu phần 60S

Bảng "Protein ribosome 60S" cho thấy các nếp gấp protein riêng lẻ của tiểu đơn vị 60S vẫn sử dụng mã màu như trên. Các phần mở rộng cụ thể của sinh vật nhân thực, từ một vài chuỗi bên hoặc vòng lặp đến các xoắn alpha rất dài và các miền bổ sung, đều được đánh dấu bằng màu đỏ.^[2]

Trong lịch sử, các thuật ngữ khác nhau đã được sử dụng cho các protein ribosome. Ví dụ, các protein đã được đánh số theo tính chất di chuyển của chúng trong các thí nghiệm điện di gel. Do đó, các tên gọi khác nhau có thể chỉ các protein tương đồng từ các sinh vật khác nhau, trong khi các tên giống hệt nhau lại không nhất thiết biểu thị các protein giống nhau. Bảng "Protein ribosome 60S" liên kết chéo các tên protein ribosome của con người mà tương đồng ở nấm men, vi khuẩn và vi sinh vật cổ.^[7] Thông tin thêm có thể được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu gen protein ribosome (RPG).^[7]

Protein ribosome 60S
H. sapiens^[7]^[9]	amino acid^[10]	Bảo thủ^[11]	S. cerevisiae^[12]	Tương đồng ở Vi khuẩn (E. coli)	Tương đồng ở Vi sinh vật cổ
RPLP0	318	EAB	P0	L10	L10
RPL3	404	EAB	L3	L3	L3
RPL4	428	EAB	L4	L4	L4
RPL5	298	EAB	L5	L18	L18p
RPL6	289	E	L6	n/a	n/a
RPL7	254	EAB	L7	L30	L30
RPL7A	267	EA	L8	n/a	L7Ae
RPL8	258	EAB	L2	L2	L2
RPL9	193	EAB	L9	L6	L6
RPL10	215	EAB	L10	L16	L10e
RPL11		EAB	L11	L5	L5
RPL13		EA	L13	n/a	L13e
RPL13A	204	EAB	L16	L13	L13
RPL14	221	EA	L14	n/a	L14e
RPL15	205	EA	L15	n/a	L15e
RPL17	185	EAB	L17	L22	L22
RPL18	189	EA	L18	n/a	L18e
RPL18A	177	EA	L20	n/a	Lx
RPL19	197	EA	L19	n/a	L19
RPL21	161	EA	L21	n/a	L21e
RPL22	129	E	L22	n/a	n/a
RPL23	141	EAB	L23	L14	L14p
RPL23A	157	EAB	L25	L23	L23
RPL24	158	EA	L24	n/a	L24e
RPL26	146	EAB	L26	L24	L24
RPL27	137	E	L27	n/a	n/a
RPL27A	149	EAB	L28	L15	L15
RPL28		E	n/a^[2]^[3]^[13]	n/a	n/a
RPL29		E	L29	n/a	n/a
RPL30	116	EA	L30	n/a	L30e
RPL31	126	EA	L31	n/a	L31e
RPL32	136	EA	L32	n/a	L32e
RPL34	118	EA	L34	n/a	L34e
RPL35	124	EAB	L35	L29	L29
RPL35A		EA	L33	n/a	L35Ae
RPL36	106	E	L36	n/a	n/a
RPL36A	107	EA	L42	n/a	L44e
RPL37	98	EA	L37	n/a	L37e
RPL37A		EA	L43	n/a	L37Ae
RPL38		EA	L38	n/a	L38e
RPL39	52	EA	L39	n/a	L37Ae
RPL40	129	EA	L40	n/a	L40e