羊肚菌科

羊肚菌科傳統上包含皺盤菌屬（英语：Disciotis）（Disciotis）、羊肚菌屬與鐘菌屬等三個屬^[2]。2006年，有分子種系發生學研究以rDNA序列分析盤菌目下各類群的親緣關係，發現原屬馬鞍菌科（英语：Helvellaceae）的塊菌屬Leucangium（英语：Leucangium）與另一塊菌屬费歇块菌属（英语：Fischerula）（Fischerula）屬於羊肚菌科的演化支，而將此兩屬改歸入羊肚菌科中^[3]。2008年，原屬地菇屬（英语：Terfezia）的塊菌Terfezia gigantea被歸入新屬Imaia（英语：Imaia），該屬亦被歸入羊肚菌科中^[4]。2010年，羊肚菌科又有一塊菌的新屬Kalapuya（英语：Kalapuya）被發表描述，序列分析顯示羊肚菌科中的四個塊菌屬（Leucangium、Fischerula、Imaia、Kalapuya）關係密切，共同組成一演化支，該演化支與皺盤菌屬互為姊妹群，而上述兩者組成的演化支又與本科的其他類群（羊肚菌屬與鐘菌屬）互為姊妹群^[5]。

而盤菌目中，羊肚菌科與平盤菌科（英语：Discinaceae）、馬鞍菌科（英语：Helvellaceae）與塊菌科等類群的親緣關係較為接近，其中平盤菌科為羊肚菌科的姊妹群^[3][5]。

• 皺盤菌屬（英语：Disciotis） Disciotis：菌蓋呈杯狀，菌柄短或不存在^[6]。

• 羊肚菌屬 Morchella：菌蓋呈海綿狀。
  • Costantinella（英语：Costantinella）：羊肚菌屬物種的無性態（英语：Teleomorph, anamorph and holomorph），此名稱已較少被使用^[7]。
• 鐘菌屬 Verpa：菌蓋呈杯狀或頂針狀。
• Kalapuya（英语：Kalapuya）：塊菌、單型屬，僅有Kalapuya brunnea一種^[5]。
• Imaia（英语：Imaia）：塊菌、單型屬，僅有Imaia gigantea一種^[4]。
• 费歇块菌属（英语：Fischerula） Fischerula：塊菌、包含兩種物種。
• Leucangium（英语：Leucangium）：塊菌、包含兩種物種。

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  肋狀皺盤菌（英语：Disciotis venosa）
  （皺盤菌屬）
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  尖頂羊肚菌（英语：Morchella conica）
  （羊肚菌屬）
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  皺蓋鐘菌
  （鐘菌屬）
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  Kalapuya brunnea
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  Leucangium carthusianum