În timpul preliminariilor pentru Euro '96 s-au obținut cele mai bune rezultate ale selecționatei Moldovei din perioada anilor 90′. Pe 7 septembrie 1994 au învins Georgia la Tbilisi cu golul marchat de Igor Oprea. A doua victorie a fost obținută o lună mai târziu când au învins Țara Galilor cu 3-2 la Chișinău, golurile fiind înscrise de Sergiu Secu, Serghei Belous, și Valerii Pogorelov. Dar, nu au reușit să mențină un bun curs, terminând pe o poziție dezamăgitoare.
În anii 2000, Moldova și-a continuat evoluțiile în același ritm. Totuși a reușit să obțină câteva rezultate importante și neașteptate. Un mare succes avu loc pe 7 iunie 2003, când Moldova reușea o victorie cu 1-0 în meciul cu Austria, din preliminariile Euro 2004. Peste 3 luni naționala Moldovei reușește să bată și Belarusul cu 2-1, la Chișinău. O altă victorie importantă a avut loc în 2005, la fel în fața Belarusului, la Chișinău, de data asta scorul fiind de 2-0. Pe 17 noiembrie 2007 vine și cea mai importantă performanță a selecționatei Moldovei de până atunci, reușindu-se o victorie răsunătoare cu 3-0 în fața Ungariei, la Chișinău. Meciul conta pentru preliminariile Campionatului European de Fotbal 2008. După acel meci a urmat o serie de rezultate neînsemnate, până la victoria mai categorică cu 4-1 în fața Armeniei, într-un meci amical jucat în 2009 la Erevan.
În anii 2010, rezultatele Moldovei rămân a fi mediocre. Cu toate astea la finele lui 2012 Moldova a remizat cu Ucraina la Chișinău, după care în octombrie 2013 zdrobește Muntenegru cu scorul de 5-2 în deplasare, cu asta încheind campania preliminară pentru Campionatul Mondial de Fotbal din 2014, unde s-a clasat pe penultimul loc din grupă.