Pháp Long Tự có hai khu vực chính: Saiin (Tây viện) và Toin (Đông viện). Tây viện bị thiêu rụi năm 670 nhưng được tái thiết vào cuối thế kỷ thứ 7. Đông viện thì có niên đại cuối thế kỷ thứ 8.[4]
Tây viện không phải là một tòa nhà mà là một tu viện lớn, gồm Kim đường, Ngũ trùng tháp, Trung môn... xây dần thêm cho đến thế kỷ 13.[4]
Đông viện gồm các công trình như Mộng điện, Xá-lợi điện, Truyền pháp đường,...
Ngoài ra trong khuôn viên chùa còn có nhiều công trình khác như Thánh Linh viện, Thực đường, Thượng Ngự đường, Tây Viên đường, Tam Kinh viện, Nam Đại môn,... đều là những di sản văn hóa quan trọng của Nhật Bản.