Nhiệm vụ chính của trường là đào tạo các thế hệ Y khoa thuộc Chuyên khoa và Đa khoa nhằm cung cấp nguồn nhân lực ngành y cho Thành phố Hồ Chí Minh và hiện nay trường đại học y khoa Phạm Ngọc Thạch đã tuyển sinh cả nước cả nhận sinh viên nước ngoài như nước Vương Quốc Campuchia và nước Cộng Hoà Dân Chủ Nhân Dân Lào.
Trường được thành lập trên cơ sở là Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế Thành phố, đảm nhận công tác đào tạo điều dưỡng trung cấp và nữ hộ sinh,dược tá. Người đặt nền móng và cũng là người sáng lập trường là Viện sĩ - Tiến sĩ - Bác sĩ Dương Quang Trung.
Ngày 15 tháng 3 năm 1989, với quyết định số 59/CT của Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng đã cho phép thành lập Trung tâm đào tạo bồi dưỡng cán bộ Y tế Thành phố Hồ Chí Minh. Trung tâm chính thức nằm trong hệ thống các trường đại học của Việt Nam.
Tháng 9 năm 1989, Trung tâm sáp nhập thêm cơ sở 520 Nguyễn Tri Phương (do Học viện Quân y chuyển giao), Trung tâm bắt đầu giảng dạy niên khóa đầu tiên.
Trước đây, ngay từ khi thành lập năm 1989, TTĐTBDCBYT TP.HCM được giao nhiệm vụ như một trường Đại học Y của Thành phố Hồ Chí Minh, nên trong suốt quá trình phát triển 20 năm, TTĐTBDCBYT TP.HCM trước đây và nay là Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đã đào tạo 14 khóa gồm hơn 1422 bác sĩ đa khoa chính quy tham gia vào hệ thống y tế của Thành phố, bên cạnh đó, trường cũng đã cung cấp hơn 8.000 điều dưỡng và trên 500 bác sĩ tuyến y tế cơ sở (hệ Đại học Y tập trung 4 năm) bổ sung cho nguồn nhân lực y tế cho vùng sâu vùng xa của các tỉnh thành phía Nam từ Đà Nẵng trở vào.
Các sản phẩm của Trường được xã hội chấp nhận và đánh giá khá cao, mà bằng chứng là mỗi năm, Trường nhận được số nhiệm sở yêu cầu từ các đơn vị y tế của Thành phố và đơn vị Trung ương đóng trên địa bàn Thành phố gấp 5 lần số bác sĩ và gấp 4 lần số điều dưỡng tốt nghiệp. Bên cạnh đó, Trường cũng bồi dưỡng sau đại học cho hàng ngàn bác sĩ các chuyên khoa như chẩn đoán hình ảnh, gây mê hồi sức, tai mũi họng …
Hiện trường có quy mô đào tạo là hơn 9.000 học viên, sinh viên, trong đó hệ Đại học là hơn 7.500 sinh viên và hệ Sau Đại học là hơn 1.500 học viên. Trường đang phấn đấu trở thành một trường đa ngành thuộc khối ngành khoa học sức khỏe, chịu trách nhiệm đào tạo nguồn nhân lực y tế có trình độ cấp đại học, sau đại học phục vụ cho công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe cho cộng đồng tại TPHCM; tiến tới trở thành một cơ sở đào tạo và nghiên cứu y học trọng điểm của khu vực phía Nam và của cả nước.
Hằng năm, trường đều tổ chức lễ tri ân người hiến xác cho trường hay còn gọi là lễ Macchabée, đây cũng là dịp để sinh viên năm nhất chia sẻ với thân nhân người hiến xác. Các xác được hiến sau khi được xử lý sẽ được sử dụng với mục đích nghiên cứu hoặc cho sinh viên thực tập phẫu tích và học giải phẫu trên xác thật. Tại đây, các thi hài đã được khâu lại cẩn thận vết giải phẫu, phủ khăn trắng, choàng chuỗi hoa, xếp thẳng hàng. Trước đó sinh viên đã kết đèn, hoa trang trí căn phòng học thường ngày trở nên trang nghiêm. Đồng thời Bộ môn Giải phẫu đã gửi thiệp mời thân nhân những người hiến xác cho khoa học tham dự buổi lễ.
Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch là trường Đại học xếp thứ 2 với 13 giải thưởng sau trường Đại học Y Dược TP.HCM tại Hội nghị khoa học công nghệ tuổi trẻ các trường Đại học - Cao đẳng Y Dược Việt Nam lần thứ 19 năm 2018.
Trường cũng có truyền thống tốt trong quan hệ quốc tế:
Hợp tác với Pháp trong chương trình đào tạo FFI (thực hiện chức năng bác sĩ nội trú ở Pháp)
FMC (đào tạo Y khoa liên tục)
Chương trình hợp tác với AUF
Chương trình hợp tác với Tổ chức Phát triển Đại học của vương Quốc Bỉ (CUD) giai đoạn thứ 3 (mỗi giai đoạn có kinh phí khoảng 1,5 triệu Euro)
Trường cũng đã ký kết hợp tác toàn diện với đại học Liège (Bỉ), Đại học Johannes Gutenberg - University Mainz (Công hòa Liên bang Đức) và có quan hệ hợp tác với nhiều trường Đại học trên thế giới.
Tiểu học Thực hành Đại học Sài Gòn · Trung học Thực hành Sài Gòn
Khoa
Sư phạm Khoa học Tự nhiên · Toán – Ứng dụng · Sư phạm Khoa học Xã hội · Giáo dục Tiểu học · Giáo dục Mầm non · Ngoại ngữ · Nghệ thuật · Công nghệ thông tin · Quản trị Kinh doanh · Thư viện Văn phòng · Văn hóa và Du lịch · Tài chính – Kế toán · Khoa học Môi trường · Giáo dục · Điện tử Viễn thông · Giáo dục Chính trị · Luật · Giáo dục Quốc phòng – An ninh và Giáo dục Thể chất
Trung tâm
Công nghệ thông tin · Đào tạo và Hợp tác Quốc tế · Khảo thí · Học liệu · Ngoại ngữ · Tổ chức Sự kiện và Du lịch
Viện
Khoa học Dữ liệu và Trí tuệ nhân tạo · Công nghệ môi trường - Năng lượng
Khoa học Cơ bản · Lý luận Chính trị · Điện - Điện tử · Cơ khí · Động lực · Nhiệt lạnh · Công nghệ thông tin · May - Thời trang · Kinh tế · Xây dựng
Trung tâm
Thư viện · Đào tạo Lý Tự Trọng · Y tế · Quan hệ doanh nghiệp · Điều hành và quản lý dữ liệu · Làm bánh · Thang máy, thang cuốn KONE
Trường Cao đẳng Kiến trúc – Xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh
Thiết kế Nội thất · Kỹ thuật Xây dựng · Công nghệ Kỹ thuật Xây dựng · Công nghệ Kỹ thuật Kiến trúc · Thiết kế Kiến trúc
Trường Cao đẳng Kinh tế – Kỹ thuật Thành phố Hồ Chí Minh
Khoa
Cơ bản · Kinh tế · Ngoại ngữ · Cơ khí Ô tô · Công nghệ thông tin · Thời trang - Chăm sóc sắc đẹp · Điện - Tự động hóa · Điện công nghiệp - dân dụng
Trung tâm
Đào tạo nguồn nhân lực và Dịch vụ · Khởi nghiệp và Đổi mới sáng tạo · Tuyển sinh - Truyền thông · Việt - Hàn · Thư viện
Trường Cao đẳng Kỹ thuật Nguyễn Trường Tộ
Khoa
Cơ bản · Kinh tế · Điện - Lạnh Điều hòa không khí · Điện tử - Tự động hóa · Cơ khí · Công nghệ thông tin
Trường Cao đẳng Công nghệ Thủ Đức
Khoa
Công nghệ thông tin · Cơ khí chế tạo máy · Điện - điện tử · Công nghệ tự động · Tài chính Kế toán · Quản trị Kinh doanh · Tiếng Anh · Khoa học Cơ bản · Du lịch · Tiếng Hàn · Cơ khí Ô tô
Trung tâm
Đào tạo nguồn nhân lực · Hợp tác Doanh nghiệp · Thông tin Thư viện · Truyền thông và Tư vấn tuyển sinh
Cao đẳng GTVT
Khoa
Kỹ thuật Xây dựng · Đại cương · Công nghệ thông tin · Kinh tế · Kỹ thuật Ô tô · Kỹ thuật Điện - điện tử · Giao thông thủy