Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
Chromatine-immunoprecipitatie (ChIP ) is een methode uit de moleculaire biologie om interacties van eiwitten met kernmateriaal (DNA ; chromatine ) na te gaan. Zo kunnen (DNA-bindende) transcriptiefactoren opgespoord worden.
Permanent vasthechten van de eiwitten (transcriptiefactoren) door een zachte fixatie met formaldehyde DNA-extractie uit de cel In stukjes knippen van DNA-strengen door middel van sonicatie Verwijderen van aspecifieke bindingen met behulp van proteine A agarose parels Specifieke antilichaam -binding Precipitatie van deze DNA-eiwit-antilichaam-complexen met proteine A agarose parels Afgieten supernatant (met DNA dat niet aan het geselecteerde eiwit bindt) Wassen van de parels elutie van het DNA Scheiding van DNA en gebonden eiwit Zo bekomt men een verzameling (korte) DNA-fragmenten waarvan men weet dat ze interageren met de transcriptiefactor. Vervolgens kunnen deze fragmenten verder onderzocht wordenmet een klassieke PCR (goedkoper) met een DNA-microarray (ChIP on chip ) (duurder maar miljoenen sequenties tegelijkertijd) met Sequencing (ook wel ChIP-seq genoemd)