Karhan speelde sinds 1995 in totaal 107 wedstrijden voor de Slowaakse nationale ploeg, waarin hij veertien doelpunten maakte. Onder leiding van bondsocach Jozef Jankech maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 6 september1995 in de EK-kwalificatiewedstrijd tegen Israël, net als Rastislav Kostka (Spartak Trnava) en Jozef Juriga (Slovan Bratislava).