RaTG13病毒
RaTG13病毒（BatCoV RaTG13），是乙型冠狀病毒屬一種感染蝙蝠的病毒，屬於嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），於2013年在中國雲南墨江通關鎮礦坑中中菊頭蝠（学名：Rhinolophus affinis）的糞便樣本中被發現[2]，最早發表於2016年，原稱RaBtCoV/4991病毒[3]（Bat coronavirus Ra4991）[1]。截至2020年[update]，此病毒是已知與造成2019冠狀病毒病疫情的嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）親緣關係最接近的病毒，兩者全基因组的核酸序列有96.2%相同[4]。
RaTG13病毒 | |
|---|---|
病毒分類  | |
| （未分级）： | 病毒 Virus |
| 域： | 核糖病毒域 Riboviria |
| 界： | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
| 门： | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
| 纲： | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
| 目： | 套式病毒目 Nidovirales |
| 科： | 冠状病毒科 Coronaviridae |
| 属： | 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus |
| 种： | 嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒 SARSr-CoV |
| 病毒： | RaTG13病毒 RaTG13 |
| 異名[1] | |
| |
病毒學
RaTG13病毒與其他冠狀病毒同屬正鏈單股RNA病毒，具有外膜，此病毒的基因組長約29800nt，編碼冠狀病毒皆有的複製酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）與衣殼蛋白（N）等四種結構蛋白，以及NS3、NS6、NS7a、NS7b、NS8等五種輔助蛋白[5]。
發現經過
2012年4月，四名雲南墨江哈尼族自治縣通關鎮的礦工在清理銅礦坑內的蝙蝠糞便後，出現嚴重的呼吸道症狀，他們被送至昆明醫科大學第一附屬醫院治療，醫護人員採集了他們的血液樣本，以PCR與抗體試驗檢測伊波拉病毒、立百病毒與蝙蝠嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒Rp3（SARSr-CoV Rp3），結果均為陰性。研究人員懷疑此四人是被一種未知的病毒感染，便在礦坑內部與周圍採集蝙蝠、鼠類與臭鼩的樣本，帶回實驗室分析後，發現其中含有一些甲型冠狀病毒與副黏液病毒。四人感染的病毒種類至今仍不明[6]。
2012年至2015年間，中國科學院武漢病毒研究所石正麗的團隊每年均從該礦坑採集一次或兩次蝙蝠糞便樣本，共採得1322件樣本，內含293種冠狀病毒，經序列分析顯示其中284種為甲型冠狀病毒，剩餘9種為乙型冠狀病毒，且均屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），其中有一於2013年採集自中菊頭蝠糞便的病毒RaBtCoV/4991，於2016年首度發表於《中国病毒学》[3]。2020年，研究人員以此病毒的宿主（中菊頭蝠）的学名、發現地點（通關鎮）的拼音缩写和發現時間（2013年），將RaBtCoV/4991病毒重新命名為RaTG13病毒[4][6]。
与SARS-CoV-2的相似
RaTG13病毒與造成2019冠狀病毒病疫情的嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）親緣關係接近，截至2020年[update]是已知與SARS-CoV-2病毒關係最接近者[4]，兩者全基因組核酸序列的相似度高達96.2%，相較之下SARS-CoV-2病毒與2003年爆发的严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARS-CoV）基因組序列的相似度僅有約79%[7]，與2019年发现的穿山甲冠状病毒相似度为92%[8]，與2020年报道的马来亚菊头蝠冠状病毒RmYN02相似度为93.3%[9]。
但是，RaTG13病毒與SARS-CoV-2病毒的刺突蛋白核酸序列相似度則為93.1%，相異之處主要是刺突蛋白中與宿主細胞受體結合的受體結合结构域（receptor binding domain, RBD），相似度僅有85.3%[9]。而兩種病毒刺突蛋白的N末端结构域（N-terminal domain, NTD）均有三小段不見於其他SARS相關冠狀病毒（SARSr-CoV）刺突蛋白的插入序列，因此兩種病毒比其他SARSr-CoV病毒的刺突蛋白序列都长一点，且序列与其他SARSr-CoV病毒相似度較低[4]。
SARS-CoV-2病毒使用血管緊張素轉化酶2（ACE2）為受體感染細胞，其刺突蛋白受體結合结构域裡與受體結合所需的5個關鍵胺基酸中（也有研究認為為6個[10]），僅有1個與RaTG13病毒對應位點的胺基酸相同，顯示RaTG13病毒正常情況下可能不是使用血管緊張素轉化酶2（ACE2）為受體感染蝙蝠細胞[10]，有細胞實驗結果顯示RaTG13病毒可使用ACE2為受體感染人類細胞，但效率比SARS-CoV-2病毒低[11]。
另外RaTG13病毒也不具有SARS-CoV-2刺突蛋白中S1與S2間可以被弗林蛋白酶切割而增加感染效率的脯胺酸-精胺酸-精胺酸-丙胺酸（PRRA）序列[10][12]。
演化樹
SARS-CoV-2與相關病毒株的系統發生樹[13][14] :
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SARS-CoV 79% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||