C16orf96
C16orf96 ili otvoreni okvir čitanja 96 hromosoma 16 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C16orf96 na hromosomu 16.[5] Kod vrste Homo sapiens, protein je dug 1141 aminokiselinu.[6]
C16orf96 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | C16orf96 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 1926059 HomoloGene: 53527 GeneCards: C16orf96 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 16: 4.56 – 4.6 Mb | Chr 16: 4.65 – 4.69 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Protein
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/d/d0/C16orf96_Protein_Structure.png/220px-C16orf96_Protein_Structure.png)
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.141 aminokiselina, a molekulska težina 125.041 Da.[7]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MSFSLTFTEL | ANIAIPQCGV | LNFKALHLLL | HGILEHIHMA | ELKKVLSGDE | ||||
DFLQTSQVVI | MPREGDAQPI | LNPMKRLSNV | FDHVVSRLDK | LENQLALLQD | ||||
LPSTAQLLEA | SQGTARPVQD | LWHLIKLRKM | VEGHDEVMAK | SMQTLQDLLT | ||||
DLHALQVTIT | ALRKEVDMLK | NMLDKVHPER | MDIFAEDFKI | QNWKMVALQR | ||||
EVASLQNKFK | TIPKTEDMVL | WSGLHDAMFT | SEIGSSPLDL | WQSVEQLPEA | ||||
ALAQTTKYLE | ATRAIQVSEP | VQNPQLLQTV | WHYEVPELLP | EGSSAQAVSL | ||||
SRAQEPAQPP | ALTPESAPGC | TTEFAPGPAP | GTEPVPGLEL | GLELEPVPAL | ||||
GPVPGPSVTP | GSLPAPWPVL | GPVPAPGAQP | PPLGDWPALP | RRWPLPQGWP | ||||
RVGSWPLWDL | GVLRPTQPQP | SRAPPPATEF | GSLWPRPLQP | YQSRQGEALQ | ||||
LAAVQVKGEE | NDVPSLRGLR | ERARKDGAPK | DRTRKDGVPK | DRGGKDVDPK | ||||
DRAHKDDVPK | DRGGKDVDPK | DRAHKDDVPK | DRGGKDGDPK | DRVGKDGAPK | ||||
EAQPKAPQSA | LHRLKTTAAI | AAAAAAAYAA | ATSSAAQAAK | VAAKFVKDAP | ||||
ATKMAAIATD | TAAAGPLGVF | ADVLGAGPSR | GATESQILGD | DSEIYEILSP | ||||
SYSAASIGPD | PALSQAMVAT | KQAMSPEDKK | RAVKYSMSHI | AQIPVKHDSL | ||||
KEEFAQLSCN | LNQRLSYLAN | MGGPSSLGTT | VDILQKKIGS | LQKSRLKEEE | ||||
LERIWGNQIE | MMKDRYITLD | KAVENLQIRM | DEFKTLQAQI | KRLEMNKVNK | ||||
STMEEELREK | ADRSALAGKA | SRVDLETVAL | ELNEMIQGIL | FKVTIHEDSW | ||||
KKAMEELSKD | VNTKLVHSDL | DPLKKEMEEV | WKIVRKLLIE | GLRLDPDSAA | ||||
GFRRKLFKRV | KCISCDRPVE | MMTGPQLITI | RKAHLLSRLR | PASANSCEYL | ||||
QRQQMREQQW | LQLQDLGIQE | DCQQDWGDGP | QNATSLKCKS | CNLLTLYPYG | ||||
DPHVIDYDSA | EVDILGVDGI | LYKGRVNSQR | GAQPLAVAKE | LAAVKAPSPP | ||||
SQSLYDRVHS | SALFGAICPP | LCPRSSACSA | ASGPHLTMPA | RPPSLPPLLL | ||||
LPPLIPSLRD | PQQAPGSTRL | SRAPHIESRV | GRKPPEEPAN | P |
- Simboli
Karakteristike
Molekulska težina prerađenog proteina C16orf96 kod ljudi je 125 kdal sa izoelektričnom tačkom 6,58[8] Oko 9% aminokiselinskog sastava C16orf96 čini prolin, što je znatno više od prosječnog ljudskog gena.[9]
Ljudski C16orf96 ima veliku količinu predviđenih mjesta fosforilacija na serinima u cijelom proteinu.[10] Također je utvrđeno da C16orf96 kod primata i ostalih sisara ima signal jedarnog unosa i signal za eksport.[11]
Domeni
Ovaj gen sadrži neke poznate domene, kao što su: motiv prepoznavanja RNK, površinski merozoitni protein (MSP-1), ponavljanje pentapeptida MXKDX i domen nepoznate funkcije (DUF1387). Ovi domeni mogu naslutiti koja je funkcija ovog gena.[6]
Struktura
Sekundarna struktura
Većina sekundarne strukture C16orf96 su alfa-heliksi, a zavojnice su druga struktura po zastupljenosti.[12]
Tercijarna struktura
Još uvijek nema poznate tercijarne strukture C16orf96.
Ćelijska lokalizacija
Predviđa se da je protein C16orf96 lokaliziran u jedru 82% vremena, 4,5% u citosolu i 4,5% u mitohondrijama.[13]
Ekspresija
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/bs/thumb/4/4a/Expression_of_C16orf96_under_different_HIF_depletion_.png/280px-Expression_of_C16orf96_under_different_HIF_depletion_.png)
Ekspresija C16orf96 u ćelijama je općenito niska. Eksperimenti in situ hibridizacije sugeriraju da se R16 C16orf96 RNK eksprimira samo u sjemenicima, dok EST profil C16orf96 pokazuje da je ekspresija gena niska samo u testisima i koži.[14][15]Ekspresija gena C16orf96 modulira se iscrpljivanjem faktora 1/2 induciranog hipoksijom (HIF1/2α). Kada se isprazni samo jedan od faktora, ekspresija se ne mijenja, sugerirajući da postoji redundantnost sa ova dva HIF-a.[16]
Funkcija
Funkcija C16orf96 je još nepoznata. Studije su ovaj gen navele među mnogim drugim genima kao mogućeg kandidata koji utiče na gojaznost djece.[17]
Homologija
Striktni ortolozi ovog gena postoje samo kod sisara. Međutim, dio DUF1387 nalazi se u udaljenijim vrstama sve do gmizavaca.[18] Nijedan ortolog ovog gena ne može se naći u biljkama, gljivama ili bakterijama, sugerirajući da je ovaj gen relativno nov i da brzo evoluira.
Reference
Vanjski linkovi
- Lokacija ljudskog genoma C16orf96 i stranica sa detaljima o genu C16orf96 u UCSC Genome Browseru.