1475年3月6日[a],米開朗基羅出生於托斯卡納阿雷佐附近的卡普雷塞 (即今天的卡普雷塞米開朗基羅)。 [6]家族的幾代人一直是佛羅倫薩的小銀行家,但米開朗基羅的父親,洛多維科·迪·萊昂納多·博那羅蒂·迪·西蒙尼(Lodovico di Leonardo Buonarroti di Simoni)沒能維持銀行的運轉,轉而間斷在政府任職。 [7]在米開朗基羅出生的時候,他的父親是小鎮卡普雷塞的司法行政官員和丘西的地方行政官員。米開朗基羅的母親名叫弗朗切斯卡·迪·內里·德爾·米尼亞托·迪·錫耶納(Francesca di Neri del Miniato di Siena)。 [8]米開朗基羅的家族自稱是托斯卡納伯爵夫人卡諾莎的瑪蒂爾達的後代,但是這從未被證實。不過,米開朗基羅對此深信不疑。 [9] 米開朗基羅出生幾個月之後,米開朗基羅全家搬到了佛羅倫薩,此後米開朗基羅就在佛羅倫薩長大。 1481年,米開朗基羅年僅6歲時,他的母親去世。米開朗基羅由小鎮塞蒂尼亞諾(英语:Settignano)的一個石匠家庭撫養。他的父親在這個鎮上擁有一個大理石採石場和一個小農場。 [8]喬爾喬·瓦薩里引用米開朗基羅的話說,“如果說我有一些優點的話,那是因為我出生在貴國阿雷佐的奇妙氣氛中。在被奶媽哺育長大的過程中,我學到了錘鑿的使用訣竅,並用其塑造人物。”[6]
當米開朗基羅還是一個小男孩的時候,他的父親把他送到佛羅倫薩的人文主義者弗朗切斯科·達·烏爾比諾(Francesco da Urbino)那裡學習語法。 [6][10][b]然而,米開朗基羅對上學沒有興趣,卻更喜歡臨摹教堂的繪畫以及和畫家們呆在一起。 [10]十三歲時,米開朗基羅成為了畫家多梅尼科·基爾蘭達約的學徒。 [1][11]年僅十四歲時,米開朗基羅的父親說服了基爾蘭達約,從而使米開朗基羅可以按照畫家的標準向基爾蘭達約領取工資,這在那時是極不尋常的事情。 [12]1489年,佛羅倫薩的實際統治者洛倫佐·美第奇要基爾蘭達約把他最好的兩個學生送來,基爾蘭達約選擇了米開朗基羅和弗朗切斯科·格拉納奇(英语:Francesco Granacci)。 [13]1490至1492年間,米開朗基羅加入了美第奇家族設立的人文學院,學院倡導新柏拉圖主義。米開朗基羅在貝爾托爾多·迪·喬萬尼(英语:Bertoldo di Giovanni)指導下學習雕塑。在學院中,米開朗基羅的世界觀和藝術風格都受到當時最傑出的哲學家和作家(包括馬爾西里奧·菲奇諾、若望·皮科·德拉·米蘭多拉和波利齐亚诺)的影響。 [14]在此期間,米開朗基羅創作了浮雕樓梯上的聖母(1490年至1492年)和半人馬之戰(1491年至1492年)。後者的題材來自於波利齊亞諾的提議,作品是洛倫佐·美第奇的委託件。 [15]17歲時,貝爾托爾多·迪·喬萬尼的另一位徒弟彼得羅·托里賈諾(英语:Pietro Torrigiano)在一次爭執中打中了米開朗基羅的鼻子,使得他破了相。後來所有米開朗基羅的畫像中都體現了這一明顯的面部缺陷。 [16]
作品剛剛完成,就有人認為壁畫褻瀆了教義,因為米開朗基羅把基督和聖母瑪利亞都畫得一絲不掛。 卡拉法樞機(後來的教宗保祿四世)、曼托瓦大使塞爾尼尼蒙席(Monsignor Sernini)都要教宗毀掉這幅壁畫,但是教宗沒有同意。米開朗基羅去世後,教廷決定為畫中的裸體畫上遮羞布掩蓋私處。米開朗基羅的一個徒弟達尼埃萊·達·沃爾泰拉(英语:Daniele da Volterra)接受了委託,為畫中的裸體人物畫上了內褲,他也因此得到了“褲子畫家”的謔稱。 1993年,文物工作者修復壁畫時,決定保留一部分達尼埃萊畫上的遮羞布,以作為歷史的記錄。另一方面的原因,之前一些藝術家為了“潤色”這幅鉅作,毀壞了米開朗基羅的一部分原筆。 那不勒斯卡波迪蒙特博物館收藏有馬爾切洛·維努斯蒂(英语:Marcello Venusti)的臨摹本,臨摹本忠實於原作,臨摹時原壁畫還沒有被後人修改。
同样的审查一直伴随着米开朗基罗,由于他作品中的人物常常裸体,暴露生殖器,他一度被污为“淫秽创造者”(義大利語:inventor delle porcherie)。米开朗基罗的作品被臭名昭著的“遮羞布运动”大量破坏,加上了大量的遮羞布。例如,雕塑弥涅耳瓦的基督(位于罗马的神庙遗址圣母堂)的遮羞布一直保留至今。