Teče kroz Gornjomoravsku i Donjomoravsku dolinu. Dalje prema ušću prolazi kroz Moravsko polje u Donjoj Austriji i Zagorsku nizinu u Slovačkoj. Posljednja tri nabrojana područja zapravo su kontinuirani dijelovi jednog velikog bazena, koji čini najveći dio Bečke kotline.
U gornjem toku na obalama Morave nalazi se nekoliko većih čeških gradova, kao što su Olomouc, Kroměříž, Otrokovice, Uherské Hradiště i Hodonín. Nizvodno, rijeka teče kroz slabije naseljena, uglavnom šumovita pogranična područja, sve do ušća u Dunav, odmah ispod Devinske tvrđave, pokraj slovačkog glavnog gradaBratislave.
Nakon 354 km toka, Morava se ulijeva u Dunav s prosječnim protokom od oko 120 m3 a okuplja vodene tokove s površine od oko 26.658 km2 Neobičnost Morave sastoji se u tome što je to evropska crna rijeka.
Najduža pritoka Morave je rijeka Dyje, koja teče tromeđom Austrije, Češke i Slovačke.