1514. július 11-én, képviselők útján, névleges formában nőül ment II. Keresztély dán királyhoz, ám egy évvel később, 1515. augusztus 12-én az esküvői szertartást újból meg kellett ismételniük, mivel Izabella csak addigra érte el a megfelelő kort a házasság elhálásához és örökösök világrahozatalához.
A király és a királyné kapcsolata a házasság első éveiben elég feszült és közömbös volt, és új hazájában Izabella új nevet kezdett el használni, az Erzsébetet. Rendkívül kényelmetlenül érezte magát a dán udvarban, mivel férje szeretője, Dyveke Sigbritsdatter és annak anyja, Sigbrit Willoms igen nagy befolyást szerzett az uralkodó és környezete felett, ám a királyné közérzete, valamint férjével való viszonya csak akkor kezdett el láthatóan javulni, amikor Dyveke 1517-ben meghalt, Sigbrittel való kapcsolata pedig ugyancsak pozitív módon átalakult, s így már mindkét asszony az uralkodó fontos tanácsadójává vált az ország főbb ügyeiben. 1520-ban Keresztély megszerezte magának a svéd koronát is, így Izabella immáron svéd királyné is lett. 1523-ban a királyné hitvesével és gyermekeivel együtt elhagyta Dániát, és Hollandiába hajózott, majd pedig körbeutazták az egész Németalföldet, hogy támogatókat szerezzenek férje trónjának visszaszerzéséhez. Utazásaik során, 1523-ban jártak többek között Szászországban és 1523-24-ben Berlinben is, ahol a királynét érdekelni kezdték Luther Márton tanításai és a protestáns vallás, habár később Keresztély tanácsára hivatalosan sosem tért át erre a hitre, mivel politikai és családi okokból nem hozhatta nyilvánosságra efféle nézeteit, elvégre a Habsburgok mindig is elkötelezett katolikusok voltak.
1525 tavaszán Izabellát egy rejtélyes kór támadta meg, mely körülbelül egy évvel előtte kezdődött a királynénál, s napról napra rosszabbodott. Az asszonyt végül 24 évesen érte a halál Zwijnaarde kastélyában, és úgy hírlik, mindkét úrvacsorát, a protestánsat és a katolikusat is elfogadta halálos ágyán, ám ezt Habsburg rokonai később megcáfolták, mivel szerintük Izabella hű katolikusként halt meg 1526-ban. A királyné halála előtt apai nagynénjére bízta Keresztély visszasegítését a dán trónra.
Férje, Keresztély király, aki 20 évvel volt idősebb Izabellánál, csak 33 évvel később, 1559-ben hunyt el, 77 éves korában. Felesége halála után már nem nősült újra.
Gyermekei
Egy halott fiúgyermek (1516)
János (1518–1532), 14 évesen meghalt,
Miksa és Fülöp (*/† 1519), ikrek, születésük után rövidesen meghaltak
Krisztina (1521–1590), aki 1534-ben II. Francesco Sforza milánói herceghez (1495–1535), majd 1541-ben I. Ferenc lotaringiai herceghez(wd) ment feleségül.