Гелийн атом. Цөм дэх протоныг улаан өнгөөр, нейтроныг хөх өнгөөр тэмдэглэв. Бодит байдал дээр цөм нь бөмбөрцөгийн хувьд тэгш хэмтэй байна.Атомын цөм нь атомын төв дэх маш жижиг, хүнд хэсэг бөгөөд нуклоноос (протон ба нейтроноос) тогтоно. Цөмийн диаметр нь 1.6 фм буюу 10-15 м-ээс (устөрөгчийн протон) 15 фм (уран)-ын хооронд хэлбэлзэнэ. Энэ хэмжээ нь тухайн атомын хэмжээтэйгээ харьцуулахад маш бага бөгөөд ураны хувьд 23,000 дахин, устөрөгчийн хувьд 145,000 дахин бага юм. Атомын массын үлэмж хэсэг нь цөм дэх протон ба нейтроны массаас бүрэлдэнэ. Орчин үеийн атомын тухай ойлголтыг Эрнест Резерфорд 1912 онд боловсруулсан байна [1].
Атомын цөм нь цөмийн хүч буюу хүчтэй харилцан үйлчлэлээр холбогдсон протон болон нейтроноос (хоёр төрлийн барион) тогтоно. Эдгээр барионууд нь хүчтэй харилцан үйлчлэлээр хоорондоо холбогдсон атомаас жижиг, тулгуур бөөмс болох кваркуудаас бүтнэ.
Цөмийн цахилгаан цэнэг нь z буюу цөмийн протоны тоогоор тодорхойлогдоно. p ны цахилгаан цэнэг +1e, цөмийн цахилгаан цэнэгийн түгэлтийг судлахдаа цөмийг их энергитэй электроноор бөмбөгдөж судалдаг ба ийм судалгааг Хофштадтер хийсэн бөгөөд түүний судалгаагаар цөмийн төв хэсэгт цэнэгийн түгэлт нэгэн жигд буюу p, n ны ижил, харин захруугаа цэнэгийн түгэлт буурсан буюу p ны тоо цөөрч n тоо давамгайлсан.
Үндсэн өгүүлэл: Цөмийн хэмжээ
Цөмийн хэмжээ нь 
м, харин атомын хэмжээ нь 
м юм. Эндээс үзэхэд атомын ихэнхи хэсэг нь хоосон (хөндий) байна.
Аливаа атомын изотопи нь тухайн атомын цөм дэх нейтроны тоогоор тодорхойлогдоно. Нэг элементийн изотопууд нь химийн шинж чанараар маш төсөөтэй байна. Электрон бүрхүүлийн бүтцийн хувьд нэг элементийн изотопууд ижил бүтэцтэй буюу атомын электроны тоо ижил, K, L, M гэх мэт давхаргад байх электроны тоо ижил бана. Тодорхой химийн нэгдэл, эсвэл дээж дэх изотопуудыг масс спектрометр, центрифуг хэрэглэн ялгаж авч болно
