Kotsjarjan var ein av leiarane for rørsla i Nagorno-Karabakh som gjekk inn for lausriving frå Aserbajdsjan. Då Nagorno-Karabakh erklærte sjølvstende i 1992 vart Kotsjarjan den første presidenten i utbrytarrepublikken, som har ei nær tilknyting til Armenia.
I 1997 forlet han denne posten då han vart statsminister i Armenia. I 1998 vart han vald til president, etter at forgjengaren vart pressa til å gå av. I 2003 vart Kotsjarjan gjenvald som president. Ved begge presidentvala har det kome skuldingar om uregelmessigheiter.
Etter grunnlova hadde ikkje Kotsjarjan høve til å stilla til val til ein tredje periode. Ved presidentvalet 19. februar 2008 støtta han kandidaturet til statsministeren sin, Serzj Sargsian, som vann valet.