Uczelnia nawiązuje do tradycji Akademii Tsinghua, założonej w 1911 w Pekinie. W 1949 roku, po przejęciu władzy w Chinach przez Komunistyczną Partię Chin, rektor Mei Yiqi wraz z dużą grupą wykładowców uciekł na Tajwan, gdzie rozpoczął starania o ponowne utworzenie uczelni. Nowy uniwersytet został oficjalnie ustanowiony w 1956 roku.
Wśród absolwentów uczelni jest dwóch laureatów Nagrody Nobla:
w 1957 roku fizyk Chen Ning Yang, pinyin: Yáng Zhènníng; ur. 1922, ukończył uniwersytet w 1944 roku, gdy funkcjonował w Pekinie (nagrodę otrzymał wspólnie z Tsung-Dao Lee (pinyin: Lǐ Zhèngdào; ur. 1926);
w 1986 roku chemik Yuan Lee (pinyin: Lǐ Yuǎnzhé; ur. 1936, studia na Uniwersytecie Tsing Hua ukończył w 1961 roku).