Nascido em uma família pobre, sem ligações políticas, Omar se juntou aos Mujahideen afegãos em sua guerra contra a União Soviética e a República Democrática do Afeganistão comunista durante a década de 1980. Ele fundou o Talibã no ano de 1994 e, em 1995, conquistou grande parte do sul do Afeganistão; em setembro de 1996, o Taleban tomou Cabul, a capital do país. Durante seu mandato como emir do Afeganistão, Omar raramente deixou a cidade de Kandahar e raramente se encontrou com estrangeiros. Ele era conhecido por falar pouco e viver em condições bastante simples.
Apesar de seu cargo político e de ter sido uma das pessoas mais procuradas pelo FBI (embora não presentemente na lista dos dez foragidos mais procurados)[1] pouco se sabe sobre ele e sobre sua vida. Antes de sua morte, apenas uma foto conhecida existia dele. Após sua morte, o Talibã divulgou uma foto que mostrava Omar em sua juventude em 1978.[3] Além do fato de que ele havia perdido um olho durante a guerra contra a União Soviética, relatos de sua aparência física afirmam que Omar era fortemente construído e alto, com cerca de 2 metros de altura.[4] O mulá Omar foi descrito como tímido e não falador com os estrangeiros.
Durante seu mandato como emir do Afeganistão Omar saiu poucas vezes de Candaar, e raramente se encontrou com forasteiros, preferindo confiar em seu Ministro do Exterior, Wakil Ahmed Muttawakil, para a maior parte das necessidades diplomáticas.
Segundo o governo oficial afegão em Cabul, Omar teria morrido de tuberculose em 23 de abril de 2013.[5][6]
Quando tinha 20 anos, em 1979, a União Soviética invadiu o Afeganistão e Omar refugiou-se com a família no Paquistão. Neste país fez estudos corânicos, mas antes de os terminar decidiu regressar ao seu país para combater os soviéticos.
Foi recrutado pela jihad, organização resistente aos soviéticos, e iniciou-se nas técnicas de guerrilha num centro controlado pela CIA, serviços secretos dos EUA, e pelos serviços secretos paquistaneses. Durante dois anos combateu os ocupantes soviéticos até que foi gravemente ferido e perdeu a vista direita. Regressou ao Paquistão e retomou os estudos.[carece de fontes?]
Após a retirada dos soviéticos e a queda do regime comunista que governava o Afeganistão, em 1992 voltou a seu país de origem, afectado por uma guerra civil. Dedicou-se a apelar à oração e a ensinar o Corão, livro sagrado muçulmano, aos mais novos e, segundo o próprio relatou, em 1994 foi visitado pelo profeta Maomé. [carece de fontes?]Ficou então incumbido de reunir os religiosos do Afeganistão e acabar com o terror, o crime, a anarquia e a imoralidade. Nasceu assim o regime talibã, um movimento fundamentalista destinado a fundar um Estado islâmico e que recrutava os seus militantes sobretudo entre a etnia pastó, a mesma de Omar.[carece de fontes?]
O regime chegou ao poder sob a liderança de Muhammad Omar, o "Mullah", que em 1996 foi nomeado por mais de mil religiosos o líder supremo dos talibãs, o comandante dos crentes, e impôs a sua lei. As mulheres passaram a ser proibidas de estudar e trabalhar e só podiam sair à rua se estivessem tapadas. Os homens foram obrigados a deixar crescer barba, entre outras regras rígidas.[carece de fontes?]
Ainda em 1996, o regime talibã acolheu no Afeganistão a Al-Qaeda, rede terrorista liderada pelo milionário saudita Osama Bin Laden. Bin Laden e Muhammad Omar tornaram-se amigos e o líder da Al-Qaeda converteu Omar à ideia da união entre os islamitas.[carece de fontes?]
O regime de Muhammad Omar, que só era reconhecido por Arábia Saudita, Emirados Árabes Unidos e Paquistão, caiu em finais de 2001 após os ataques aéreos norte-americanos contra o Afeganistão, seguidos do avanço das tropas da Aliança do Norte, oposição armada formada por uma dezena de grupos etnicamente diversos unidos pela necessidade de combater os talibãs.
A fuga de motocicleta, tantas vezes relatada na imprensa internacional, do líder talibã em Dezembro 2005 de Candaar foi vista como o ponto final das ambições políticas de Muhammad Omar. Mas passados mais de oito anos sobre a invasão americana que derrubou o regime talibã, o seu chefe continua por capturar e ocasionalmente emite mensagens de desafio às tropas estrangeiras. E os talibãs, baseando-se nos descontentamento das populações pashtuns, voltaram a dominar grandes zonas do Afeganistão. As suas técnicas de combate passam por acções de guerrilha clássica, mas também por atentados-suicidas contra as tropas estrangeiras e as forças militares afegãs que suportam o Presidente Hamid Karzai.[carece de fontes?]
Em julho de 2015, foi anunciado que Mullah Omar estaria morto.[5] A informação foi avançada pelas autoridades estatais do Afeganistão e não foi inicialmente confirmada por fontes independentes.[7] A 30 de julho o Talibã confirmou a morte de Omar, dizendo que ele faleceu devido a uma doença. As reais circunstâncias de sua morte continuam incertas.[8] Foi sucedido por Akhtar Mansoor como líder do talibã.[9]