Năm 1969, ông sau chuyển sang giảng dạy, chủ nhiệm khoa Kinh tế- chính trị rồi Phó giám đốc Trường Nguyễn Ái Quốc (nay là Học viện Chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh). Ngoài ra ông còn là giảng viên Trường đại học Kinh tài nay là Đại học Kinh tế Quốc dân. Những năm 1980 ông làm công tác thư ký cho Ủy viên Bộ Chính trị Lê Đức Thọ.
Năm 1986, tại Đại hội Đảng lần thứ 6, ông trúng ủy viên dự khuyết Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, được cử làm trợ lý Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam.
Năm 1991, tại Đại hội Đại biểu Toàn quốc lần thứ VII, ông được bầu vào Ban Chấp hành Trung ương, giữ chức Phó Bí thư thường trực Thành ủy Hà Nội.
Năm 1996, ông được tái trúng cử vào Ban Chấp hành Trung ương và được bầu vào Bộ Chính trị (đến năm 2001), phụ trách công tác Tư tưởng – Văn hóa và Khoa giáo Trung ương và giữ chức Bí thư Thành uỷ Hà Nội (đến năm 2000).
Mặc dù đã nghỉ hưu trí nhưng vẫn đang đảm nhiệm chức vụ ủy viên Hội đồng Lý luận Trung ương của Đảng Cộng sản Việt Nam.
Từ năm 1986 đến năm 1996, ông Lê Xuân Tùng phụ trách nhóm chuẩn bị phần kinh tế của Cương lĩnh xây dựng đất nước trong thời kỳ quá độ lên chủ nghĩa xã hội. Ông còn tham gia chuẩn bị văn kiện các kỳ họp Ban Chấp hành Trung ương, đặc biệt là Văn kiện Ban Chấp hành Trung ương lần VI, khoá VI (1989).
