根據中華民國法律於2016年公布《水下文化資產保存法》，中華民國文化資產水下文化類為依據現今臺灣、澎湖列島、臺灣海峽等範圍之海域，所保存具有歷史、文化、考古、藝術或科學價值之文化資產，該資產被視為具有考古脈絡和自然脈絡，還包括船舶、航空器、其他載具及其相關組件或裝載物的保護。[1]
1987年，馬公市漁民黃加進在大塭礁潛水捕龍蝦，意外於該海域發現古老的陶片及瓷片，之後多次下水撈起陶瓷器等大量的器物，並在1990年陳報教育局發現疑似古代沉船。1995年，教育部與國立歷史博物館啟動「澎湖海域古沉船發掘研究計畫」，經過多次搜尋後，於大塭礁附近發現疑似古沉船與散落的陶瓷器，隨後將其命名為「將軍一號」；由於在此之前，臺灣考古學界並無「水下考古」的相關經驗，將軍一號被視為由政府主導、有計畫性的水下考古調查與發掘工作，因而使水下考古逐漸備受關注。[2]此外，文化部文化資產局自2006年，推動「台灣附近海域水下文化資產調查計畫」，並對於包括澎湖、綠島、蘭嶼、馬祖列島、東沙群島與臺灣敏感區海域調查。[3]
2013年，文化部正式成立，專責推動全國文化資產業務，執行及督導全國文化資產保存等工作。為了保存、保護和管理水下文化資產，建立歷史之間的聯繫，同時尊重聯合國《保護水下文化遺產公約》和其他國際相關協議的精神，2015年11月，文化部制定《水下文化資產保存法》，該法旨在進行水下文化資產的調查、研究、發掘、修復、教育、宣導、合作以及其他與水下文化資產相關的活動。三讀通過後。[4]並自2016年12月9日開始施行。並持續於臺灣附近海域進行水下文化資產總體價值評估。
根據《水下文化資產保存法》，水下文化資產審核須符合下列條件：[5][6]
由於水下文化遺存則紀錄史前時代到至今人類生活所發展出技術，或反映出船舶行過程、社會、經濟壯況，故被認定具有重要學術研究價值。截至2019年12月底，經由中央研究院水下考古團隊水下驗證發現具體目標物共90處，其中已經辨識確認為沉船等目標物者共計20處，其中6處已完成水下文化資列冊。[7]此外為深耕在地研究，文化部文化資產局自2018年起於澎湖郵便局設置澎湖水下考古工作站，並同步展出一系列水下文化資產相關主題展覽。[8][9]
2020年，為發展水下文化資產之探測調查技術、強化列冊沉船監測保護工作，文化部文化資產局局長與國家海洋研究院共同簽署合作備忘錄，針對海洋及水下文化資產之法政文史、調查技術、環境監測及沉船環境生態研究、海洋探測儀器使用、海洋資料庫共享等方面進行合作。[10]
2022年，立法院三讀通過「水下文化資產保存法部分條文修正案」，除配合刑法整體修正「沒收」之相關規定進一步完善法制，並授權主管機關得依需求，設立水下文化資產保存研究專責機構。[11][12]
依序現有考古具體目標物及具有高度文化資產與研究價值，下列船舶已經會議通過列冊為水下文化資產為基準：[13][14][15][16][17]
| 名稱 | 圖片 | 地點 | 下水 | 描述 |
|---|---|---|---|---|
| 將軍一號 | 澎湖縣望安鄉將軍澳嶼 | 清朝道光年間 | 1995年9月8日起，於澎湖將軍鄉大塭附近海床上進行多次調查，發現排列整齊的陶瓦、罐等大量疑似古沉船文物。根據發現海域的臨時命名，這個沉船被稱為「將軍一號」，並且這個名稱一直沿用至今。將軍一號是一艘清代中期的貿易船，其沉船勘查工作在1995年、1996年和1998年期間由國立歷史博物館進行，被視為臺灣水下文化資產調查的起點。[18][19] 「將軍一號」殘骸船身埋入沙床中，保存狀態相對完好。根據出水遺物判斷，「將軍一號」是一艘清朝道光年間的船隻，為運輸建材以及粗重缸甕等日用品的運輸船。「將軍一號」於2017年7月26日經過文化部水下文化資產審議會第10次會議通過列入水下文化資產名冊中。其他出水遺物則存放於澎湖生活博物館，有12件於澎湖生活博物館展出。[20][21] | |
| 廣丙號防護巡洋艦 |  | 澎湖縣望安鄉將軍澳嶼 | 1891年 | 廣丙艦是清朝水師所建造的新型戰船之一，為一艘鐵甲船，搭載了新式武器和推進動力馬達，不同於傳統的中式帆船，它依靠風力運行。廣丙艦於1891年（清代光緒17年）4月11日下水，並於1892年4月25日完工，隸屬於廣東水師。該艦是福州船政局興建的第32艘船，造價為20萬兩，船長為71.63公尺，船寬為8.23公尺，吃水為3.96公尺。日軍接收廣丙號後，將其編入日本海軍並繼續沿用原名。惟日軍獲得本艦尚不足一年，廣丙號即在臺灣地區執行任務時，在將軍澳嶼南岸觸礁沉沒。 2010年7月，經水下探勘後，水下考古團隊成功於蠔曝淺礁附定位廣丙艦的遺址位置。隨後在2010年9月7日、8日、9日和10月24日進行了一系列的水下探查工作，並發現許多廣丙艦的遺物。該遺址的範圍大約為東西28公尺、南北37公尺，佔地面積約為1,036平方公尺，周圍海域的水深約在15至20公尺之間。 |
| 布哈拉號 |  | 澎湖縣白沙鄉姑婆嶼 | 1872年 | 布哈拉號（SS Bokhara）是英國鐵行輪船公司（P&O）於1873年投入營運的一艘客輪，定期從英國前往印度和遠東，運送乘客、郵件和貨物。 1892年10月10日，布哈拉號在澎湖群島附近遭遇颱風。機艙被水淹沒，救生艇被海浪沖走，船隻先後兩次撞上暗礁後於兩分鐘內沉沒。導致125名乘客和船員喪生。這是鐵行輪船公司歷史上迄今為止最嚴重的災難事件。 1984年，船隻遺骸方被臺灣考古人員重新發現及確認，遺址範圍東西長約150公尺，南北寬約100公尺，水深約5-14公尺。2009年，水下考古團隊在澎湖姑婆嶼北方約100公尺處確認布哈拉號殘骸的地點。部分船隻文物曾於2009年、2010年、2013年進行數次水下遺物之調查工作後打撈上岸。 |
| 山藤丸 | 澎湖縣湖西鄉查母嶼 | 1919年 | 山藤丸是日本山下汽船的一艘商輪，該船隻原名為加拿大進口號（Canadian Importer），為加拿大溫哥華考夫蘭父子公司（J. Coughlan & Sons, Ltd）於1919年所造。1942年10月18日，被日本陸軍徵用的山藤丸從高雄港出港後，於翌日（10月19日）在澎湖群島的查母嶼南方六呎礁處觸礁並沉沒。 山藤丸殘骸位於澎湖群島東南方海域，該區域的水深約為9至52公尺。水下考古團隊於2010年5月5日針對山藤丸進行水下調查研究，並發現山藤丸殘骸已斷裂成三段，分別位於9至12公尺、39至42公尺和48至52公尺的深度範圍內。遺址的範圍大約為東西50公尺、南北180公尺，佔地面積約為9,000平方公尺。 | |
| 蘇布倫號 | 連江縣東引鄉 | 1900年 | 蘇布倫號是鐵行輪船公司（P&O）於1900年投入營運的一艘客輪，定期從英國前往印度和遠東，運送乘客、郵件和貨物。1901年4月23日，蘇布倫號於西引島北側海蝕溝觸礁失事，使船體受到嚴重破壞而被廢棄。 2013年，東湧社區發展協會向連江縣政府申請補助，以進行蘇布倫號沉船勘查，經過為期六個月的水下搜索後，2014年8月文化部文化資產局水下考古團隊及台灣海域安全潛水協會（TOSCA）潛水員透過定位。於東引海域發現蘇布倫號殘骸[24][25][26][27][28][29]，並打撈出10餘件船體結構，其中包括銅製ㄇ字型船件和中式龍紋雙耳銅爐。殘骸主體因遭受海浪沖擊和金屬鏽蝕等自然破壞，也受到炸魚和盜撈等人為損害，其保存狀況不佳。潛水員報告說看到船體電鍍部分、一根桅杆和其中一個雙螺旋槳。[30] | |
| 綠島一號 | 臺東縣綠島鄉 | 19世紀後期 | 綠島海域記載19世紀以前的沉船記錄有幾筆資料，由於綠島位於黑潮主流流路附近，水流強勁，最大流速線附近，則成為船難發生後船隻漂流上岸的地點。 2013年，水下考古團隊於綠島發現「綠島一號」遺址，該船體為大型木質船體，木船長約36公尺，船體多以紅銅皮包覆，非東方造船法。共分三處陳列，船體結構、現址狀況堪稱完整。現在大多被沙和珊瑚礁覆蓋。[31][32][33] |
此外，1937年曾因天候不佳期間在綠島外海擱淺之胡佛總統號。其擱淺的水域至今還有留下部分文物及殘骸，文化部文化資產局將該地區列為重要水下文化資產保護場域，並在2020年7月於沉船遺址處設立臺灣第1座水下遺址告示牌，並研討將水下資源做為觀光發展的後續維護。[34][35]
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