ב-1963 מונה לשגריר ישראל בצ'אד למשך שנתיים, אז מונה לשגריר ישראל בבנין עד 1970. בשנים 1970-1974 שימש סגן מנהל מחלקות אפריקה, המזרח התיכון, מש"ב (המרכז לשיתוף פעולה בינלאומי). בשלהי 1973 מונה לשגריר ישראל בזאיר, מינוי שלא התממש מפאת ניתוק היחסים הדיפלומטיים.
ב-1974–1978 היה קונסול כללי בריו דה ז'ניירו ואחראי לקשר עם הקהילות היהודיות במדינה. ב-1978 נתמנה למנכ"ל (מושאל) של WOJAC (הארגון העולמי של יהודי ארצות ערב). ב-1978–1980 היה סגן ראש עיריית ירושלים הממונה על התכנון, מהנדס העיר ושירותי הנדסה, חבר ועדת התכנון העליונה של המדינה והוועדה המחוזית (ירושלים) וחבר הנהלת אוצר השלטון המקומי.
בשנים 1983-1980 שימש ציר בשגרירות ישראל בקהיר[2] עם הצוות הראשון לאחר החתימה על הסכם השלום וחבר בוועדות משא-ומתן. בשנים 1983–1986 היה ראש המשלחת הקבועה לאו"ם בז'נבה בדרג אישי של שגריר ואחראי על ההסברה בשווייץ. בשנים 1986–1989 כיהן כמנהל המרכז לשיתוף פעולה בינלאומי במינוי אישי של מנהל אגף ומנכ"ל "האיגוד" – החברה להעברת טכנולוגיה. בשנים 1989–1990 היה סגן ראש המשלחת הקבועה באו"ם בניו יורק בדרג אישי של שגריר. בשנים 1990–1992 כיהן כשגריר ישראל במצרים.
ב-1995 יצא לגמלאות ממשרד החוץ. התמנה ליועץ של קונפדרציית התעשיינים ההודית (CII) ונציגה בישראל עד שנת 2003, במקביל שימש יושב-ראש "משגב לדך" ויועץ המכון האפרו-אסיאני בבית ברל, ועסק בייעוץ כלכלי.
ובכל זאת שלום : יחסי ישראל מצרים; עורך: רמי טל; הקדמה מאת יצחק שמיר; תל אביב: משכל, 1998.
קצרים דיפלומטיים (בהוצאה עצמית) - לקט אנקדוטות משירותו הדיפלומטי הארוך
Ephraim Dowek, Israeli-Egyptian Relations, 1980-2000; foreword by Yitshak Shamir, London: F. Cass (Cass Series: Israeli History, Politics, and Society), 2001.
Ephraïm Dowek, Vingt ans de relations égypto-israéliennes, 1980-2000: Malgré tout, c’est la paix qui prévaut--; introduction de Yitzhak Shamir, Paris: Harmattan (Comprendre le Moyen-Orient), 2005.