Dagens slekt Habsburg nedstammer fra herskerne i Lorraine og bare kognatisk (gjennom Maria Teresia) fra den eldre slekten Habsburg. Den yngre slekten Habsburg blir kalt Habsburg-Lothringen.
Habsburgerne har hersket som blant annet hertuger (1282–1453), erkehertuger (1453-1804) og keisere (1804-1918) av Østerrike, konger av Ungarn, konger av Böhmen og som herskere over en rekke italienske og sentraleuropeiske områder, som konger av Spania (1516–1700), og som keisere i Det tysk-romerske rike i flere århundrer inntil 1806.
Historikerne har lenge vist at huset Habsburg var preget av fatal innavl. De giftet seg med hverandre for å holde makten begrenset innenfor familien. Da kong Karl II av Spania døde i 1700, var den habsburgske ættens tid forbi. Kongen selv var 39 år gammel da han døde, nesten døv, blind, lam og tannløs. Kroppen var full av svulster og oppsamlet vann, og han var plaget av epileptiske anfall og hallusinasjoner.
I 2009 gjorde Gonzalo Alvarez og andre forskere ved Universitetet i Santiago de Compostela i Spania en studie som ble publisert i PLoS ONE.[1] 3 000 familiemedlemmer ble samlet i en database, og et slektstre med 16 generasjoner habsburgere ble risset opp. Antall søskenbarnekteskap var høy: Ni av elleve ekteskap som kongene inngikk i løpet av sin regjeringsperiode over fem generasjoner, var mellom kusiner og fettere, onkler og nieser. Andelen innavl hos hver enkeltperson ble kartlagt og beregnet sannsynligheten for at et individ hadde liten genetisk variasjon. Andelen innavl steg betraktelig utover i generasjonene. Innavl førte til at dårlige egenskaper hopet seg opp i arverekka. Studien påviser at barnedødeligheten i det spanske habsburgdynastiet var oppsiktsvekkende høy.[2]