Rất khó kiếm được bằng chứng về những cư dân đầu tiên trên mảnh đất này vì nước biển dâng cũng như sự lắng đọng phù sa từ con sông Maeander. Bằng chứng có giá trị đầu tiên là của thời đại đồ đá mới. Vào đầu và giữa thời kỳ đồ sắt, những khu định cư ở đây nằm dưới ảnh hưởng của người Minoan. Theo truyền thuyết, người Crete (Crettans) đã tràn tới đây và thay thế người Leleges bản địa. Cái tên Miletus được đặt theo một địa danh của Crete.