Miêu tả

Construction process

This file was derived from a 3D model of DNA, converted to SVG and coloured using David Eccles' STL2SVG script:

type=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30  > out_${type}.svgtype=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30  > out_${type}.svg

The DNA models were then combined and annotated using Inkscape. The DNA backbone for the model is a pentagon extruded over a sine wave using David Eccles' guided path extrude script. The model source file (in OpenSCAD format) is shown below:

use <guided_extrude.scad>;hl = 100; // helix lengthhp = 33.2; // helix pitch [in angstroms]hr = 10; // helix radius [in angstroms]bbr = 1.5; // backbone radiusloops = hl / hp;// random bases//bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1);// *GRINGENE* -- TAA GGN MGN ATH AAY GGN GAR AAY GAR TGA//            -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA// A = 0; G = 1; C = 2; T = 3// [different from my usual order,//  to simplify the 3D model logic]bases = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2,         1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0];bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0));drawMode = "all";module lineTo(x1, x2){  hull(){    translate(x1) sphere(r=0.25, $fn=5);    translate(x2) sphere(r=0.25, $fn=5);  }}backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th),                                          bbr*sin(th)*1]];inc = floor($t * 30);thf = ($t * 30) - inc;h1limit = (360 * loops);h1jump = (360 * loops);helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump])  [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * loops)]];helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)])  [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * loops)]];module purine(){  linear_extrude(height=0.75, center=true){    // average hydrogen bond length in water: 1.97 A    // https://www.search.com.vn/wiki/en/Hydrogen_bond#Structural_details      translate([-0.985,0])      // scale: average of C-C and C=C bond length      scale(1.435) translate([-2,0]) rotate(12) rotate(18){        rotate(-30) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6);        color("blue")          rotate(36) translate([-1 / (2*sin(36)),0])            circle(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5);    }  }}module pyrimidine(){  linear_extrude(height=0.75, center=true){    // average hydrogen bond length in water: 1.97 A    // https://www.search.com.vn/wiki/en/Hydrogen_bond#Structural_details      translate([-0.985,0])      scale(1.435) translate([-2, 0]) translate([1,0])         circle(r=1, $fn=6);  }}$vpt = [0, 0, 0];//$vpr = [310, 105, 10];$vpr = [0, 0, 0];rotate([310, 105, 130]) translate([0,0,-hl/2]) {  if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue")    mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1);  if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink")    mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2);  for(thb = [inc:(360 * loops / 34.3 + inc)]) {    thi = thb-inc;    th = (thi-thf) * 34.3;    thisBase = bases[floor(thb%30)];    doPur = (thisBase < 2);    // base bond has a -1.2° angle;    // not quite sure how to implement that    baseFrac = (doPur ? 0.55 : 0.45);    baseFInv = 1 - baseFrac;    translate([0,0,hl * th / (360 * loops)]) rotate([-1.2,0,0]){      if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink")        lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) +                hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15),                hr * sin(th)*(baseFrac-0.15) +                hr * sin(th+120) * (baseFrac+0.15)],               [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]);      if(th < (h1jump))        if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue")          lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)],                 [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) +                  hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15),                  hr * sin(th)*(baseFrac+0.15) +                  hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]);      if(drawMode == "all" ||         (drawMode == "A" && thisBase == 0) ||         (drawMode == "G" && thisBase == 1) ||         (drawMode == "C" && thisBase == 2) ||         (drawMode == "T" && thisBase == 3)        )      color((thisBase < 1) ? "green" :             (thisBase < 2) ? "gold"  :            (thisBase < 3) ? "blue"  :                             "red")      translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv,                 hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv])         rotate(180 + bAng + th) if(doPur) {            purine(); } else { pyrimidine(); };      if(drawMode == "all" ||         (drawMode == "A" && thisBase == 3) ||         (drawMode == "G" && thisBase == 2) ||         (drawMode == "C" && thisBase == 1) ||         (drawMode == "T" && thisBase == 0)        )        if(th < (h1jump))        color((thisBase < 1) ? "red"  :               (thisBase < 2) ? "blue" :              (thisBase < 3) ? "gold" :                               "green")        translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv,                   hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv])           rotate(bAng+th) if(doPur) {              pyrimidine(); } else { purine(); };    }  }  if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") {    translate(helix_1[len(helix_1)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5);    translate(helix_1[0]) sphere(r=bbr, $fn=5);  }  if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") {    translate(helix_2[0]) sphere(r=bbr, $fn=5);    translate(helix_2[len(helix_2)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5);  }}

Giấy phép

Tôi, người giữ bản quyền tác phẩm này, từ đây phát hành nó theo các giấy phép sau:

Bạn có quyền sao chép, phân phối và/hoặc sửa đổi tài liệu này theo những điều khoản được quy định trong Giấy phép Tài liệu Tự do GNU, phiên bản 1.2 hoặc các phiên bản mới hơn được Quỹ Phần mềm Tự do; quy định; ngoại trừ những phần không được sửa đổi, bìa trước và bìa sau. Bạn có thể xem giấy phép nói trên ở phần Giấy phép Tài liệu Tự do GNU.http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlGFDLGNU Free Documentation Licensetruetrue

Tập tin này được phát hành theo Giấy phép Creative Commons Ghi công 4.0 Quốc tế.

Ghi công: SNP model by David Eccles (gringer)

Bạn được phép:

• chia sẻ – sao chép, phân phối và chuyển giao tác phẩm
• pha trộn – để chuyển thể tác phẩm

Theo các điều kiện sau:

• ghi công – Bạn phải ghi lại tác giả và nguồn, liên kết đến giấy phép, và các thay đổi đã được thực hiện, nếu có. Bạn có thể làm các điều trên bằng bất kỳ cách hợp lý nào, miễn sao không ám chỉ rằng người cho giấy phép ủng hộ bạn hay việc sử dụng của bạn.

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0CC BY 4.0 Creative Commons Attribution 4.0 truetrue

Bạn có thể chọn giấy phép mà bạn muốn.