Бенін-Сіці быў заснаваны ў X ст. і першапачаткова называўся Эдо́. У канцы XII ст. ён стаў цэнтрам буйной дзяржавы на чале свяшчэнных манархаўоба. Ужо ў познім сярэднявеччы горад быў добра ўмацаваны. У выніку будаўнічых работ XV ст. даўжыня яго муроў склала болей за 15 тысяч км. Еўрапейскія гандляры і вандроўнікі, якія наведвалі яго з 1485 г., узгадвалі шырокія вуліцы, вялікія дамы, чысты гарадскі рынак. У ім налічвалася некалькі рамесных гільдый. Частка рамеснікаў працавала на патрэбы оба. Назву Бенін гораду і краіне далі партугальцы ў выніку скажэння аднаго з мясцовых слоў.
У 1897 г. Бенін-Сіці быў захоплены і разрабаваны брытанцамі. Пазней далучаны да брытанскіх каланіяльных валоданняў. У 1960 г. стаў часткай незалежнай Нігерыі. З 1991 г. з'яўляецца адміністрацыйным цэнтрам штата Эдо.
Бенін-Сіці — адзін з найбуйнейшых гарадоў Нігерыі, цэнтр будаўнічай, нафтаперапрацоўчай і харчовай прамысловасці, важны цэнтр развіцця моднай індустрыі краіны і турызму. У горадзе дзейнічае некалькі вышэйшых навучальных устаноў, у тым ліку Бенінскі ўніверсітэт. Працуе аэрапорт.