Linna asutas Kärnteni hertsog ja seda on esmamainitud 12. sajandil, kuid see kannatas pidevate üleujutuste all. 1246. aastal asutati linn uuesti looduslikult sobivamas kohas ja sai 1252 linnaõigused. 1514 hävis linn peaaegu täielikult tulekahjus. 1809. aastal laskis Napoleon purustada linnamüürid, jättes alles vaid lühikese lõigu. 1863. sai linn raudteeühenduse.
Klagenfurt on tähtis kultuuri- ja tööstuskeskus. Linnas asub Hypo Group Arena jalgpallistaadion.
