Sitio de restrición
Os sitios de restrición ou sitios de recoñecemento da restrición son zonas situadas nunha molécula de ADN que conteñen secuencias específicas de 4 a 8 pares de bases nucleotídicas de lonxitude[1] que son recoñecidas polos encimas de restricións para realizar un corte na molécula. Trátase xeralmente de secuencias palindrómicas[2] (porque os encimas de restrición adoitan unirse como homodímeros), e un determinado encima de restrición pode cortar a secuencia entre dous nucleótidos dentro do seu sitio de recoñecemento ou nalgún punto veciño.
Funcionamento
Por exemplo, o encima de restrición común EcoRI recoñece a secuencia palindrómica GAATTC e corta entre a G e a A de ambas as febras do ADN. Isto deixa un tramo colgante que sobresae (unha porción terminal dunha das febras do ADN non unida a bases complementarias) coñecida como extremo pegañento[2] en cada extremo do AATT. Esta parte colgante pode utilizarse despois para ligar (ver ADN ligase) un tramo de ADN con outro tramo colgante complementario (outro tramo cortado por EcoRI, por exemplo).
Algúns encimas de restrición cortan o ADN nun sitio de restrición de maneira que non se deixan tramos colgantes, formando o que se chama un extremo romo.[2] É moito menos probable que os extremos romos sexan ligados por unha ADN ligase porque o extremo romo non ten ese tramo colgante que o encima pode recoñecer e facelo coincidir cun tramo de bases complementarias.[3] Porén, os extremos pegañentos do ADN é máis probable que se unan con éxito coa axuda cunha ADN ligase debido aos nucleótidos non apareados expostos da zona colgante.[4]
Aplicacións
Os sitios de restrición poden utilizarse para múltiples aplicacións en bioloxía molecular, como a identificación de polimorfismos de lonxitude de fragmento de restrición (RFLPs).
Bases de datos
Hai varias bases de datos para sitios de restrición e encimas, das cales a base de datos non comercial máis grande é REBASE.[5][6] Recentemente, viuse que nulómeros estatisticamente significativos (é dicir, motivos ausentes curtos que se espera con gran probabilidade que existan) presentes en xenomas de virus son sitios de restrición, o que indica que probablemente eses virus desfixéronse deses motivos para facilitar a invasión do hóspede bacteriano.[7] A Nullomers Database Arquivado 12 de marzo de 2024 en Wayback Machine. contén un catálogo completo de motivos ausentes mínimos, moitos dos cales poderían ser motivos de restrición aínda non coñecidos.