המנהל האזרחי

מיד לאחר מלחמת ששת הימים הוחל הממשל הצבאי הישראלי בשטחים, שהיה אמון הן על ההיבט הביטחוני והן על הטיפול באוכלוסייה האזרחית. יהודה ניצן מונה "מתאם העניינים האזרחיים בשטחים המוחזקים", תפקיד זמני שביצע בשירות מילואים וכיהן בו במשך מספר חודשים. ב-10 בספטמבר 1967 מונה אל"ם דן חירם כמתאם העניינים האזרחיים עד ספטמבר 1968.^[4] במקביל מונה שלמה גזית, באוגוסט 1967, ליו"ר ועדת התיאום המדיני-ביטחוני בשטחים, ולקראת סוף שנת 1968 מונה גם למרכז ועדת המנכ"לים המטפלת בנושאים אזרחיים בשטחים המוחזקים^[5] ובדצמבר 1967 מונה לראש מחלקת ממשל צבאי וביטחון מרחבי במטכ"ל.^[6] תחת הממשל הצבאי התקיים מטה המינהל האזרחי שכלל שני ענפים: ענף כלכלה וענף מינהל ושירותים. בראש הענפים עמדו קציני צבא ולידם פעלו קציני מטה אזרחיים שהיו כפופים להם מבצעית אך מקצועית היו שליחים של משרדי ממשלה אזרחיים.^[7]

ראשי הערים בשטחים המוחזקים, לרוב נשארו בתפקידיהם (דוגמת מוחמד עלי אל-ג'עברי בחברון) והמשיכו לנהל את העניינים האזרחיים בערים הגדולות. לכל נפה מונה מושל צבאי בדרגת סגן אלוף. בגדה הוקמו שבע נפות: חברון, בית־לחם, רמאללה, ירדן, שכם, ג'נין וטול־כרם. בשנת 1973 החל הממשל הצבאי לגבש תוכנית להעברת ניהול נושאים אזרחיים כחינוך, בריאות וחקלאות מידי קציני המטה הישראלים לידי התושבים הפלסטינים. הדבר לא יצא לפעול עקב התנגדות של ההנהגה המקומית שראתה במהלך שיתוף פעולה ונורמליזציה של הכיבוש הישראלי.^[8][9]

בספטמבר 1981 החליט שר הביטחון, אריאל שרון, להפריד בין המשימה הרגילה של צה"ל להגן על מדינת ישראל ותושביה מפני איומים חיצוניים, לבין אחריותו לדאוג לצרכיה האזרחיים של האוכלוסייה הפלסטינית שבשליטת ישראל.^[10] לשם כך הוא הפריד את המנהל האזרחי מהממשל הצבאי והותיר בידי הממשל הצבאי רק את האישור הסופי לפעולות בעניינים אזרחיים. ב-4 בנובמבר 1981 פוצלו הסמכויות. המושלים הצבאיים הפכו לקציני המנהל האזרחי, סמכויותיהם צומצמו לנושאים אזרחיים בלבד. ראש המנהל האזרחי האחראי עליהם כפוף למתאם הפעולות בשטחים ולשר הביטחון. במקביל הוקמו שלושה מרחבים: יהודה, בנימין ושומרון, שמפקדיהם, קצינים בדרגת אלוף-משנה, עוסקים בביטחון שוטף וכפופים לאלוף פיקוד המרכז וממנו למטכ"ל ולשר הביטחון.^[11] לאחר האינתיפאדה הראשונה הורחבה פריסת צה"ל והוקמה אוגדת אזור יהודה ושומרון. המרחבים פוצלו לשש חטיבות מרחביות: חטיבת מנשה, חטיבת אפרים, חטיבת שומרון, חטיבת בנימין, חטיבת יהודה וחטיבת עציון.

בשנת 1995, כחלק מהסכם הביניים (אוסלו II), הועברו חלק מסמכויות המנהל האזרחי לרשות הפלסטינית. תפקידי המושלים הצבאיים של המנהל האזרחי בכל נפה בוטלו. כיוון שבידי ישראל נותרו סמכויות אזרחיות וביטחוניות רבות, היה צורך בתיאום של הרשויות הפלסטיניות עם אלו הישראליות, ולכן הקימו מדינת ישראל והרשות הפלסטינית את מפקדות התיאום והקישור (מת"ק). עם פרוץ האינתיפאדה השנייה חדלו משרדי המת"ק לעסוק בתיאום ובשיתוף פעולה בין הרשויות הישראליות והפלסטיניות כמעט לגמרי, ועבודתם התמקדה בטיפול בבקשות להיתרי מעבר בין חלקים של איו"ש ובין איו"ש לישראל. בניגוד לעבר, פונים בשנים האחרונות^{[דרושה הבהרה]} פלסטינים רבים ישירות למשרדי המת"ק הישראליים, מבלי להזדקק לשירותיהם של מקביליהם הפלסטיניים.

בספטמבר 2005, עם השלמת תוכנית ההתנתקות, בוטל המנהל האזרחי ברצועת עזה.

במהלך שנת 2005 הוקמה מפקדת תיאום וקישור גם באזור עוטף ירושלים, סמוך למעלה אדומים, כדי לתת מענה לסוגיות מרקם החיים שנפגע עקב בנייתה של גדר ההפרדה.

כל הסמכויות התכנוניות ביהודה ושומרון מרוכזות בידי ועדת תכנון אחת והיא מועצת התכנון העליונה (המקבילה לוועדות הארצית והמחוזית בתוך הקו הירוק), השוכנת במטה המנהל האזרחי הסמוך לבית אל.

בשנת 1966, כשנה לפני תחילת מלחמת ששת הימים, חוקק חוק ירדני הקרוי "חוק תכנון ערים, כפרים ובניינים מס' 79", אשר הסדיר את נושא התכנון והבנייה בגדה המערבית, שהייתה בידי ירדן. חוק זה החליף את החוק הירדני הקודם, "חוק לתכנון ערים, כפרים ובנינים מס' 31" משנת 1955 שהחליף בזמנו את החקיקה המנדטורית הבריטית. החוק, משנת 1966, קבע בין היתר, את הרכב רשויות התכנון ואת סמכויותיהן, התווה את תהליך תכנונן ואישורן של תוכניות פיתוח ואת תהליך הוצאת רישיונות בניה, וכן הגדיר את הליכי הערעור על החלטות רשויות התכנון ואת הצעדים שיינקטו במקרה של עבירות על החוק.

בשנת 1971 הוציא הצבא צו^[12] ובו הוא נותן למועצת התכנון העליונה בין השאר את הסמכויות "לתקן, לבטל או להתלות תקפם של כל תוכנית או רישיון" ו-"לפטור כל אדם מחובת רישיון שנדרש על פי החוק".^[13]

הצו אשר הוציא צה"ל ב-1971 ביטל את הוועדות המחוזיות. כל הסמכויות רוכזו בידי מועצת התכנון העליונה הנמצאת במנהל האזרחי בבית אל. בראש מועצת התכנון העליונה, לפי חוק התכנון והבנייה הירדני, עומד שר הפנים הירדני. מפקד האזור מינה את קצין המטה לענייני פנים של המנהל האזרחי ליו"ר מועצת התכנון העליונה. הנהלים הייחודיים הפכו את חברי ועדת התכנון העליונה והעומד בראשה, קצינים ואזרחים עובדי צה"ל בדרג בינוני, לכל-יכולים בתחום. הסמכות שניתנה בידם רבה יותר מסמכותו של שר הפנים בכל הנוגע לתוכניות מתאר בתחומי הקו הירוק.^[14]

בנוסף, עובדי מועצת התכנון העליונה משמשים בתפקידים שונים גם בלשכת התכנון המרכזית של המנהל האזרחי. לשכת התכנון המרכזית אחראית על התכנון הפיזי של המקרקעין באזור יהודה ושומרון ברמות של התכנון האזורי, המתארי-מקומי והמפורט, ביישובים הישראליים והפלסטיניים ובמרחב הפתוח שביניהם. עד הסכמי אוסלו בכל האזור ואחריהם בשטחי "C" בלבד.^[15] במשך כ-25 שנה (בין השנים 1988 ל-2013) שימש אדריכל שלמה מושקוביץ בתפקיד הכפול של מנהל לשכת התכנון המרכזית במינהל האזרחי ויו"ר מועצת התכנון העליונה (כולל ועדת המשנה להתיישבות). החל משנת 2013, עמדה האדריכלית נטליה אברבוך בראש לשכת התכנון המרכזית, ובתפקיד יו"ר מועצת התכנון העליונה ופרשה בשנת 2023.^[16]

ועדת המשנה להתיישבות

ועדת המשנה להתיישבות של מועצת התכנון העליונה, הוקמה בשנת 1979 כדי לטפל בתכנון ההתנחלויות בכל אזור יהודה ושומרון. סמכויות הוועדה נרחבות וכוללות:^[17]

• סמכויות מועצת התכנון העליונה וסמכויות ועדה מחוזית לגבי כל מקום הכלול בתחום מועצה אזורית, כהגדרתה בצו בדבר ניהול מועצות אזוריות (יהודה והשומרון) (מס' 783), התשל"ט-1979, או בתחום מועצה מקומית, כהגדרתה בצו בדבר ניהול מועצות מקומיות (יהודה והשומרון) (מס' 892), התשמ"א-1981 (שניהם להלן: "תחום מועצה"), ולגבי כל עניין הקשור באופן ישיר במקום כאמור.
• יו"ר מועצת התכנון העליונה, לאחר התייעצות עם נציג היועץ המשפטי וראש תחום תשתית במינהל האזרחי, רשאי לקבוע לעניין סעיף זה, בין באופן כללי ובין לעניין מסוים, כי מקום פלוני ייראה כאילו היה כלול בתחום מועצה, אם מצא כי לאותו מקום זיקה מכרעת לתחום מועצה.

בנפרד מועדת המשנה להתיישבות, ועדות המשנה לתכנון מקומי בכל נפה, מיועדת לתוכניות של פלסטינים תושבי יהודה ושומרון. אך מאז 1995, ועדות התכנון המקומי בשטחי "C" אינם פעילות והפלסטינים מקדמים תוכניות ובקשות להיתר בניה בוועדת המשנה לתכנון ורישוי.^[18] בשנת 2011, עתרה לבג"ץ מועצת הכפר דיראת-רעפיה, בבקשה כי יורה לשר הביטחון, למפקד הצבאי, לראש המנהל האזרחי ולמועצת התכנון העליונה להחזיר על כנן את ועדות התכנון המחוזיות^[19] אך עתירה זו נדחתה.

ועדת המשנה לתכנון ורישוי

הוועדה עוסקת בכל נושאי התכנון המקומי שבשטחי C ולא בתחום ההתיישבות, ואמונה על אישורי בניה, תוכניות מתאר, ותוכניות מפורטת במגזר הפלסטיני בתחום שטחי C. בראש הוועדה עומד שמואל קלימי המנהל את תחום התכנון של המגזר הפלסטיני ביהודה ושומרון.מדובר בוועדה תכנונית ייחודית בישראל, בעלת סמכויות תכנון נרחבות באזור יהודה ושומרון. הוועדה מתפקדת כוועדה: מקומית, מחוזית וארצית גם יחד.בשנים האחרונות הוועדה דנה במגוון נושאים נרחב ובכללם תוכנית מיתאר להרחבת העיר קלקיליה, שאושרה להפקדה.כמו כן הוועדה עסקה באישור תוכניות מתאר למגוון כפרים כגון: עיזבת א-טביב, אום ניזל, חרבת עבדאללה יונס, חרמלה, אום דיוף, ג׳הלין, ואד א-ניץ, זיף, חרבת א-דיראת, ד'אהר אל מאלח, אום ריחן ועוד.הוועדה גם מאשרת בקשות להיתרי בניה במגוון נושאים נרחב: מבני מגורים, מבני תעשייה, חינוך, ציבור, תשתיות ותחנות דלק.ועדה זאת משמשת גם כוועדת הערר של ועדת המשנה לפיקוח.

בשנת 2021 הוועדה הכינה תמ"א 52/1 להסדרת נושא חציבה בשטחי יהודה ושומרון.

מהותו של המִנהל ותפקידו הוגדרו בצו מס' 947 של הממשל הצבאי,^[1] הקובע בסעיף 2:

"מוקם בזה מִנהל אזרחי באזור. המִנהל האזרחי ינהל את העניינים האזרחיים באזור, בהתאם להוראות צו זה, לרווחתם ולטובתה של האוכלוסייה ולשם הספקת השירותים הציבוריים והפעלתם, בהתחשב בצורך לקיים מִנהל תקין וסדר ציבורי."

הגוף הוקם כדי להוציא מידי צה"ל את ניהול העניינים האזרחיים בשטחים שנכבשו ב-1967 ולא סופחו לישראל, אולם הוא אינו גורע מסמכויות הממשל הצבאי באזור, כיוון שפעולותיו כפופות לאישור מתאם פעולות הממשלה בשטחים, שהוא אלוף בצה"ל הפועל במסגרת משרד הביטחון, ומדיניותו צריכה להיות מעוגנת בצווים של אלוף פיקוד המרכז, שהוא הממונה על החקיקה בשטחים הכפופים למרות ישראל באזור יהודה ושומרון. המנהל האזרחי זוכה לליווי משפטי שוטף של "היועץ המשפטי לאזור יהודה והשומרון" בפרקליטות הצבאית (יועמ"ש איו"ש).^[20]

המנהל האזרחי משמש בתפקיד מקביל למשרדי הממשלה בישראל, כאשר כל המשרדים הממשלתיים הרלוונטיים (משרדי הפנים, האוצר, התחבורה, הבריאות וכו') שולחים נציגים מטעמם האחראים כל אחד על התחום באזור השיפוט של המנהל האזרחי. הקשר עם התושב עצמו נוצר ומתנהל באמצעות תשעת משרדי התיאום והקישור הישראליים הפועלים ביהודה ושומרון. המנהל האזרחי אחראי על כל ההיבטים האדמיניסטרטיביים של התושבים. בין השאר הוא אחראי על הנפקת אישורי הכניסה לישראל, אישורי התנועה בתוך יו"ש, אישורי תנועה ברכב (היתר כתר), אישורי עבודה וכמעט כל אישור רלוונטי אחר.

מנהלי היחידות במנהל מקבלים את התואר קצין מטה (קמ"ט), אף על פי שרבים מהם אזרחים המהווים את הנציגות המקצועית של משרדי הממשלה השונים,^[21] לדוגמה:

• קצין המטה ארכאולוגיה - אחראי על כל ענייני הארכאולוגיה בשטחי יהודה ושומרון הוא עובד רשות העתיקות.^[22]
• קצין מטה איכות הסביבה - אחראי על ענייני איכות הסביבה ביהודה ושומרון הוא עובד המשרד להגנת הסביבה.^[23]
• קצין מטה משפטים ורישום מקרקעין - אחראי על הסדרה, על רישום ועל מתן ייעוץ בנוגע לבעלות על קרקעות בשטחי "C".
• קצין מטה מדידות - הממונה על המדידות בשטחי יהודה ושומרון הוא עובד המרכז למיפוי ישראל.^[24]
• קצין מטה שמורות הטבע - אחראי על שמירת הטבע בשטחי יהודה ושומרון.^[25]
• קצין מטה תעסוקה - אחראי על הנפקת ההיתרים לתעסוקה לפועלים הפלסטינים מאזור יהודה ושומרון.
• קצין מטה רווחה - עובד משרד הרווחה האחראי על התיאום והקישור בין הרשויות הישראליות לבין נציגי הרשות הפלסטינית בסוגיות שונות בענייני רווחה של תושביה הפלסטינים של יהודה ושומרון.
• קצין מטה תקשורת ודואר - אחראי על הפעלת כלל סמכויות התקשורת והדואר באזור יהודה ושומרון.
• קצין מטה תחבורה ומע"צ - מתאם משרד התחבורה, אחראי על פיתוח ותחזוק תשתיות תחבורה ועל הסדרת רישיונות בתחום זה באזור יהודה ושומרון.
• קצין מטה אנרגיה - ממונה על ניהול משק האנרגיה באיו"ש ומהווה הזרוע הביצועית למימוש מדיניות המנהל האזרחי בתחום האנרגיה וליישום יעדי הממשלה במשק החשמל והגז הטבעי.
• קצין מטה שמאות - שלוחה מקצועית של אגף שומת מקרקעין במשרד המשפטים, אחראי על שומות מקרקעין לצורך קידום עסקאות באזור יהודה ושומרון.
• קצין מטה חקלאות
• קצין מטה מים
• קצין מטה בריאות
• לשכת התכנון - הלשכה היא גוף מקצועי האחראי על גיבוש והובלת מדיניות תכנון בשטחי C ביהודה ושומרון, זאת בראייה כלל אזורית של מועצת התכנון והוועדות תחת סמכותה, מימוש מדיניות מועצת התכנון העליונה בתוכניות מתאר אזוריות ומקומיות וטיפול בתוכניות מפורטות ותוכניות בינוי.

יחידת הפיקוח

המנהל האזרחי מפעיל ביהודה ושומרון יחידה האחראית על אכיפת דיני התכנון והבנייה וכן איכות הסביבה בשטחי C. היחידה פועלת כנגד בניה בלתי חוקית במגזר הפלסטיני והישראלי, שמירת איכות הסביבה, פיקוח על מחצבות, ניתוק חיבורי מים בלתי חוקיים, מניעת פגיעה ביערות ועוד. החל משנת 2015 מקדמת היחידה ביחד עם תחום המגזר הפלסטיני, בלשכת התכנון המרכזית, הקמת שכונה בדואית סמוך לאבו דיס, כדי לתת מענה לאוכלוסייה החיה באופן בלתי חוקי במרחב. במסגרת עבודה זו הוקמו 35 מגרשים הכוללים תשתיות מים, חשמל וביוב.^[26]

ביוני 2017 החלה היחידה להפעיל לראשונה רחפנים בשטחי הרשות הפלסטינית, כחלק מהאכיפה נגד פעילות המפחמות המזהמות.^[27]

מנהלות התיאום והקישור

1. מפקדת המנהל האזרחי - בבסיס אוגדת איו"ש ליד בית אל.
2. מת"ק רמאללה - מצפון לרמאללה, ממוקמת בתוך אוגדת איו"ש סמוך למפקדת המנהל האזרחי.
3. מת"ק ג'נין - ליד הכפר סאלם.
4. מת"ק שכם - סמוך לכפר חווארה, מדרום לשכם. ממוקמת בבסיס של חטיבת שומרון.
5. מת"ק אפרים - ליד אבני חפץ.
6. מת"ק עוטף ירושלים - סמוך למעלה אדומים.
7. מת"ק בית לחם - סמוך לצומת גוש עציון ממוקמת בסיס של חטיבת עציון מדרום לירושלים.
8. מת"ק חברון - בהר מנוח מדרום לחברון.
9. מת"ק יריחו - ליד ורד יריחו מדרום-מערב ליריחו.
10. מת"ק אזח"ע - ברצועת עזה סמוך למעבר ארז, תחתיו הנציגות הדרומית סמוך למעבר כרם שלום.

הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש באזור יהודה ושומרון

יחידת "הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש" (המכונה גם "קמ"ט אפוטרופוס") הוקמה עם כניסת צה"ל ליהודה ושומרון ביוני 1967, ופעלה תחת הממשל הצבאי עד שנת 1981, מאז פועלת היחידה במסגרת המנהל האזרחי. סמכות הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש מבוססת על שני צווים: "צו בדבר רכוש ממשלתי (יהודה והשומרון) (מס' 59), התשכ"ז-1967" ו"הצו בדבר נכסים נטושים (רכוש הפרט) (אזור הגדה המערבית) (מס' 58), התשכ"ז-1967". בצווים אלו נקבעו סמכויותיו של הממונה בנוגע לניהול הרכוש הממשלתי (אדמות מדינה) והנטוש (אדמות נפקדים) ביהודה ושומרון. בנוסף לכך, הממונה הוא נציג מינהל מקרקעי ישראל ביהודה ושומרון. בצו בדבר נכסים נטושים (מס' 58), התשכ"ז-1967, נקבע, כי "רכוש נטוש הוא נכס שבעליו החוקי או מי שהחזיק בו כדין, עזב את האזור לפני התאריך הקובע (7 ביוני 1967), בתאריך הקובע או אחרי המועד האמור, בהשאירו את הנכס באזור".

משנת 1980 הממונה הוא הגורם המרכזי בהכרזה על קרקעות באזור כאדמות מדינה והקצאתן לצורך הקמת יישובים חדשים, בעיקר התנחלויות. סקר ראשוני הראה כי כ־1.5 מיליון דונם, כ־26% משטחי יהודה ושומרון יכולים להיות מוכרזים כאדמות מדינה. ההליך להכרזת אדמות אלו כאדמות מדינה כלל ביצוע סקר מקדים, הודעה בפני המוחתארים המקומיים כי ישנה כוונה להכריז על אדמות באזורם כאדמות מדינה, והקצאת פרק זמן לערעור על החלטה זו. אם לא התקבלה התנגדות להכרזה, נרשם השטח כאדמות מדינה. בפועל, בשל מדיניותה של פליאה אלבק, לא הוכרזו אדמות מדינה במקום שבו הייתה אדמה מעובדת בידי פלסטינים. בין 1980 ל־1984 הוכרזו כ־800,000 דונם כאדמות מדינה.^[28]

בעת הקמת יישובים, מאחר שאדמות המדינה ביהודה ושומרון אינן רשומות בלשכת רישום המקרקעין ("טאבו"), הקרקעות היו נכס שהממונה על הרכוש הנטוש הממשלתי העניק הרשאה לתכנונו לגוף מיישב, לרוב החטיבה להתיישבות של ההסתדרות הציונית העולמית או משרד השיכון. בדו"ח מבקר המדינה מ-2012, נחשף כי ב-83 התנחלויות הממונה לא גובה דמי חכירה על אדמות המדינה (כנהוג בתוך תחומי הקו הירוק), סכום שהמצטבר למאות מיליוני שקלים לאורך השנים. כמו כן, 25 תחנות דלק ישראליות הפועלות ביהודה ושומרון וממוקמות על אדמות המדינה, פועלות שנים רבות בלי שהממונה חתם עם בעליהן על חוזה הרשאה לשימוש בקרקעות שעליהן הן נמצאות, כנדרש בצו בדבר רכוש ממשלתי, ובלי שגבה עבורן דמי שימוש.^[29]

ועדת העררים הצבאית

ועדת העררים הצבאית דנה, בין השאר, בעררים על החלטות הממונה על הרכוש הממשלתי בדבר הכרזות על קרקעות באזור יהודה ושומרון כאדמות מדינה, על סמך טענות לבעלות על הקרקע. עררים ניתנים להגשה רק בתוך 45 הימים שנקבעו לכך בצו ההכרזה.

הבעלות על הקרקעות, כמו כל זכות קניינית אחרת במשפט הישראלי, כפופה לתקנת השוק, ולפיכך אם יתגלו זכויות בקרקע לאחר שזו כבר הוקצתה על ידי הממונה כאדמת מדינה והוחל בפיתוחה בתום לב, זכותו של התובע תפקע והוא יוכל רק לתבוע פיצויים מהממונה.^[30]

צוות סטטוס מקרקעין ("קו כחול")

צוות סטטוס מקרקעין במנהל האזרחי, הידוע יותר בשם צוות "קו כחול", הוקם בשנת 1999, ומטרתו לבחון הכרזות על אדמות מדינה שהתעוררו ספקות אודות דיוקן, זאת כדי לאפשר קידום תהליכים תכנוניים בתחום יישובי יהודה ושומרון, על פי התוכניות המוגשות למנהל האזרחי. בצוות חברים מומחים לפענוח מפות ותצלומי אוויר ומשפטנים.

תפקידו הראשון של צוות "קו כחול" היה לדייק את מפות יהודה ושומרון ששירטטה עורכת הדין פליאה אלבק, מנהלת המחלקה האזרחית בפרקליטות המדינה, בעיקר לאורך שנות השמונים. ב-2004, עם כניסת מייק בלס לתפקיד המשנה ליועץ המשפטי לממשלה (ייעוץ וחקיקה), הוחלט על רפורמה בעבודת הצוות. הצוות הוגדל ונקבע כי מעתה כל תוכנית בנייה ביו"ש תעבור בדיקה מקדימה שלו. ב-2011 קבע בלס כי עבודתה של אלבק עליה הסתמך הצוות התייתרה, ומעתה כל פעולת מקרקעין ביו"ש תדרוש מן הצוות בחינה מחודשת של ההכרזה על אדמות מדינה.

בהמשך קבע ארז קמיניץ המשנה ליועץ המשפטי לממשלה (משפט אזרחי), כי הצוות יבדוק יישובים אשר ביקשו להרחיב את שטח הבנייה שלהם, במלואם. עוד נקבע כי עד סיום עבודת הצוות, לרבות סיום הליך ערעורים בבתי משפט, לא תתאפשר שום פעולת מקרקעין. יצוין כי קודם עבודת הצוות, בודק "הממונה על הרכוש הממשלתי והנטוש" אם ישנם רישומים מוקדמים על האדמות השונות. עבודת הצוות מאושרת בידי היועץ המשפטי לאזור יהודה והשומרון.^[31]

תקציב המנהל האזרחי, כחלק מתקציב תיאום הפעולות בשטחים, מגיע דרך תקציב המדינה ודרך הכנסותיו ("הוצאה מותנית הכנסה") כגון: אגרות רישום מקרקעין (טאבו), אגרות תכנון, אגרות תחבורה, הכנסות מבתי משפט צבאיים בגין קנסות, חילוט ערבויות ואגרות בגין ביול בקשות כניסה לישראל.^[32] בשנת 2010 התגלה כי מדינת ישראל העבירה לקופתה, במשך כ-15 שנים, מאות מיליוני שקלים מגביית אגרות והיטלים בשטחי יהודה ושומרון שנועדו לפי החוק לתקציב המנהל למען התושבים.^[33]

תקציב המנהל האזרחי בשנת 2013 היה 306 מיליון ש"ח.^[2]

המנהל האזרחי כמעט ואינו מפרסם נתונים על עבודתו.

אף כי הגדרת תפקידו של המנהל היא דאגה לרווחתה של כלל האוכלוסייה באזור יהודה ושומרון, נטען כי, מעצם היותו חלק מהממסד הישראלי, הוא מעדיף בפועל את האינטרסים של מדינת ישראל באזור, לרבות אלו של המתיישבים הישראלים, על חשבון אינטרסים של התושבים הערבים.

מאידך, נטען כנגד המנהל האזרחי שהוא מפלה לרעה את המגזר היהודי. לדוגמה בשנת 2008 איתר המינהל 646 מבנים בלתי חוקיים במגזר הפלסטיני והרס 111 מהם (17%). באותה שנה איתר המינהל 293 מבנים בלתי חוקיים במגזר היהודי והרס 105 מהם (36%).^[34] בתגובה טוענים ארגוני זכויות אדם כי לא ניתן לערוך השוואה כזו כשמראש מדיניות מתן האישורים מוטה: לטובת המתנחלים עומדים גופי תכנון אזרחיים עם נציגות לקהילה (כלומר לציבור המתנחלים) ואילו עבור הפלסטינים מתכננים גופים צבאיים ללא נציגות לפלסטינים. לטענת עמותת "במקום", ישראל משתמשת בכלים תכנוניים שונים כדי לצמצם במידת האפשר את הגידול באוכלוסייה הפלסטינית בשטח C. כך למשל בשנת 2005 הוגשו למנהל האזרחי 189 בקשות של פלסטינים להיתרי בנייה, מהן אושרו רק 13 (7%). באותה שנה נבנו בהתנחלויות 1180 יחידות דיור.^[35] לפי נתוני המינהל האזרחי, שהועברו לארגונים, רק אחוז זעום^[36] מבקשות להיתרים שמגישים הפלסטינים לבנייה אכן מאושרים. במצב כזה, לטענת הארגונים, נתוני ההריסות זניחים ביחס למבנה הבסיסי של מערכת התכנון המפלה כנגד פלסטינים.

המינהל האזרחי, כך פורסם, איננו משקיע את התקציבים שניתנו לו בנושאים כגון שמירה על הסביבה ופינוי אשפה, ואף על פי שתחומים אלה נמצאים באחריותו.^[37]

כמו כן נמתחת ביקורת על אוזלת היד במניעת שוד עתיקות ביהודה ושומרון של קמ"ט ארכאולוגיה במנהל, לרשותו עומד פקח אחד.^[38]

במהלך השנים התגלו מספר מקרי שחיתות במנהל, בעיקר פרשות של מתן היתרי כניסה לישראל, אישורי בנייה, רישיונות חציבה ורכישת קרקעות תמורת שוחד:

• בשנת 1983, התפטר מושל נפת טול כרם, סגן אלוף שלום מוצפי, לאחר שהואשם בקבלת שוחד, במעילה בתפקיד ובניצול מעמדו כמושל לצרכיו הפרטיים.^[11]
• בשנת 1998, מצאה ועדה של משרד הביטחון ("ועדת ורדי-גדרון") אי סדרים חמורים בנושא של חלוקת זיכיונות להפעלת מחצבות ותחנות דלק במנהל. בין השאר התגלו עדויות על מעבר של בעלי תפקידי רישוי במנהל (שאחראים על מתן זיכיונות כרייה), מיד עם פרישתם, לתפקידים בכירים בחברות הכרייה שזכו בזיכיונות.^[39]
• באוקטובר 2003, שני קצינים במנהל האזרחי נעצרו במסגרת חקירת מצ"ח. השניים נחשדו בקבלת טובות הנאה מכמה אנשי עסקים פלשתינאים באזור חברון, תמורת הנפקת אישורי מעבר בהיקף גדול.^[40]
• בשנת 2005, נפתחה חקירת משטרה בחשד שבכירים במינהל סייעו לרכישת קרקעות במרמה מפלשתינאים ביהודה ושומרון, תמורת שוחד.^[41]
• ביוני 2008, הוגשו כתבי אישום בפרשה נגד שני בכירים במינהל, סגן-אלוף יאיר בלומנטל (שהיה ראש ענף תשתיות במינהל) ורב-סרן אהוד ברוש (ראש מדור מקרקעין), שנאשמו בקבלת שוחד וטובות הנאה מסוחר הקרקעות יוסף עמרם.^[42] בשנת 2011, הגיעה המדינה לעסקת טיעון עם יוסף עמרם, שהורשע על פי הודאתו במתן שוחד וכן בסחיטה באיומים ועבירות מס; נגזרו עליו 18 חודשי מאסר.^[43]
• ביוני 2011, עמרם קבילו, לשעבר ראש ענף תעסוקה במנהל האזרחי ביהודה ושומרון, הורשע בעבירות של קבלת שוחד וטובות הנאה מגורמים שונים כדי להנפיק לפלסטינים אישורי מעבר לישראל.^[44]
• בינואר 2016, רס"ן יוסף יזיד מהמנהל האזרחי נשלח ל-5 שנות מאסר על קבלת שוחד של רבע מיליון ש"ח מפלסטינים, תמורת הנפקת היתרי כניסה לישראל.^[45]
• במרץ 2017, הורשע קצין במנהל האזרחי בעבירות מין חמורות, קבלת שוחד וחריגה מסמכות עד כדי סיכון ביטחון המדינה.^[46] בית הדין הצבאי ביפו גזר עליו 11 שנות מאסר.^[47]
• ביולי 2017, במסגרת הסדר טיעון, רכז ביחידת הפיקוח של המנהל האזרחי, צבי אבנון, הורשע בביצוע עבירות מרמה והפרת אמונים - לקיחת שוחד עבור מידע מקדים שמסר על ביקורות יזומות של המינהל האזרחי באתרים לחציבה בלתי חוקית. בנובמבר 2017, הגישה הפרקליטות תביעה אזרחית כנגד אבנון, ובו דרשה ממנו את 45 אלף השקלים שקיבל כשוחד.^[48]
• ביולי 2020 פורסם בדו"ח של מבקר המדינה כי קמ"ט איכות הסביבה מר בנימין אלבז, משמש כיו"ר וועד עובדים הן במנהל האזרחי, והן במשרד לאיכות הסביבה, בניגוד לנהלים של איוש תפקידים של חברי וועד עובדים על ידי מנהלים בכירים. כמו כן פורסם בדו"ח כי ישנה התנהלות קלוקלת בכל נושא וועדת השעות הנוספות שאינה מפיצה פרוטוקול כנדרש, ואף אישרה למספר בכירים במנהל האזרחי 80 שעות נוספות לחודש, ששולמו במלואן אך לא ידוע האם מומשו בפועל על ידי העובדים הללו.

• שבתי טבת, קללת הברכה, הוצאת שוקן, תש"ל (1969). הספר מתאר את הליכי כינון המנהל האזרחי ביו"ש מההיבט המשפטי, הפוליטי והאנושי
• עקיבא אלדר ועדית זרטל, אדוני הארץ - המתנחלים ומדינת ישראל 1967-2004, כנרת, זמורה-ביתן, דביר - מוציאים לאור בע"מ, 2004. (ע' 403–417)
• רס"ן אהרון משניות (עורך), דיני התכנון, הבניה והמקרקעין באזור יהודה ושומרון - הדין תחיקת הביטחון והפסיקה, בהוצאת המינהל האזרחי לאזור יהודה ושומרון
• אודי מנור, לעשות שלום עם הפלסטינים - הוויכוח בישראל על הגדה המערבית 1967–1987, הוצאת כרמל, 2012

מדיה וקבצים בנושא המנהל האזרחי בוויקישיתוף

• המנהל האזרחי ביהודה ושומרון, באתר תיאום פעולות הממשלה בשטחים
• המנהל האזרחי מעדיף את הפלסטינים, באתר nrg, באתר nrg, יוני 2006
• "משטר הכבישים האסורים בגדה המערבית", באתר בצלם, אוגוסט 2004
• ביורוקרטיה בשירות הכיבוש - מפקדות התיאום והקישור - מחסום WATCH ורופאים לזכויות אדם, מאי 2004
• שמואל גרואג, ניכוס המרחב - תכנון ואי תכנון בגדה המערבית ככלי פוליטי, 'במקום'
• דני רובינשטיין, הכלכלה הפלסטינית: שולטים בכלכלה, באתר כלכליסט, 22 במרץ 2010
• דו"ח על המצב הסביבתי החמור ביו"ש של ירוק עכשיו נובמבר 2009
• עמוס הראל, נטש בזמן, באתר הארץ, 16 באוגוסט 2005
• המנהל האזרחי בעזה, סרטי גבע, ארכיון שפילברג, 1956 (התחלה 6:05)
• תיאום פעולות הממשלה בשטחים, נוהל כניסת זרים לשטחי איו"ש
• שילה פריד, ‏ישיבה של מת"ע: הדרך לבנייה ביו"ש רצופה בקשיים ומחסומים, בעיתון מקור ראשון, 29 באוקטובר 2021